[发明专利]与谷子脖长性状相关的SNP标记及其检测引物和应用有效

专利信息
申请号: 201810339807.6 申请日: 2018-04-16
公开(公告)号: CN108660240B 公开(公告)日: 2021-12-21
发明(设计)人: 赵治海;张晓磊;范光宇;李双东;张耕耘;王峰;冯小磊;王德权;史高雷 申请(专利权)人: 张家口市农业科学院
主分类号: C12Q1/6895 分类号: C12Q1/6895;C12N15/11
代理公司: 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 代理人: 李小焦;彭家恩
地址: 075032 河北省张家口市*** 国省代码: 河北;13
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摘要:
搜索关键词: 谷子 性状 相关 snp 标记 及其 检测 引物 应用
【说明书】:

本申请公开了一种与谷子脖长性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。本申请与谷子脖长性状相关的SNP标记,该SNP标记位于第一条染色体第32154418bp至第32344151bp的bin标记内,SNP标记与谷子脖长紧密连锁。本申请与谷子脖长性状相关的SNP标记,可以用于谷子脖长性状的分子标记辅助育种,通过该SNP标记检测可以预测谷子脖长,为实现谷子脖长性状的早期鉴定或筛选育种提供了科学依据,对加快谷子品种的遗传选育或改良进程具有重要的理论和实践指导意义。本申请检测SNP标记的引物对,可以对谷子脖长进行分型,检测SNP表达的差异。

技术领域

本申请涉及谷子育种技术领域,特别是涉及一种与谷子脖长性状相关的 SNP标记及其检测引物和应用。

背景技术

我国是谷子的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家,产量约占全世界总量的80%。同时,我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家。

多项研究表明,作物的穗茎长与植株抗旱性、穗花数呈明显的正相关作用。因此谷子脖长等指标是影响谷子抗性和产量的重要因子,研究与控制谷子脖长等产量性状相关的基因及其位置功能等,对于指导谷子遗传育种具有重要的意义。

单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism,SNP)是基因组水平上由单个核苷酸碱基的变异引起的DNA序列多态性,其在基因组中数量多,分布广泛,遗传稳定性好。随着基因测序技术的发展和成本的降低,对不同个体同一基因或基因片段进行直接测序和序列比较,就能够确定碱基是否存在变异。因此,SNP检测有利于基因分型,适用于快速和规模化地筛查未知或已知SNP与某遗传性状的关系。

目前关于谷子数量性状相关的QTL定位和SNP标记研究主要集中于SSR 标记的开发利用等途经,而利用群体自交系简并基因组测序检测多态性的SNP 分子标记的开发应用研究尚未有报道。因此,开展谷子数量性状SNP分子标记的开发,并建立辅助选育体系,对于提高谷子产量,节约育种成本具有重要意义。

发明内容

本申请的目的是提供一种新的与谷子脖长性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。

为了实现上述目的,本申请采用了以下技术方案:

本申请的一方面公开了一种与谷子脖长性状相关的SNP标记,该SNP标记位于第一条染色体第32154418bp至第32344151bp的bin标记内,并且,SNP 标记与谷子脖长紧密连锁。

需要说明的是,本申请经过研究发现了一段与谷子脖长紧密连锁的序列,这段序列内的SNP标记直接影响谷子脖长性状,这段序列即第一条染色体第 32154418bp至第32344151bp的bin标记。

进一步的研究发现,第一条染色体第32154418bp至第32344151bp的bin标记中,尤其是SNP标记的碱基为T或C,与谷子脖长紧密连锁。

本申请的一种实现方式中,具体披露了其中一个SNP标记,即NL-01-805 位点,NL-01-805位点所在的序列如Seq ID No.1所示,NL-01-805位点是Seq ID No.1所示序列中自5’端起第104位碱基。

需要说明的是,第一条染色体第32154418bp至第32344151bp的bin标记与谷子脖长紧密连锁,其中可能包含众多SNP标记,NL-01-805位点只是本申请的一种实现方式中证实的与谷子脖长性状相关的SNP标记,在本申请的指导下,不排除在该bin标记内还有其它的SNP标记。

优选的,本申请与谷子脖长性状相关的SNP标记,对SNP标记,利用复合区间作图法,采用5%的总体显著水平,QTL检测的LOD值为4.1534,表型变异解释率为3.36%。

本申请的另一面公开了一种检测本申请的SNP标记的引物对,该引物对的上游引物为Seq ID No.2所示序列,下游引物为Seq ID No.3所示序列;

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