[发明专利]一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记开发及其应用

说明书

本发明公开了一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记开发及其应用。一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物，由SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ ID NO.2所示的反向引物组成。用五个辣椒栽培种材料的基因组DNA以本发明引物进行PCR扩增，可快速准确的区分5个辣椒栽培种，可以对5个辣椒栽培种进行区分并用于鉴定五个栽培种的种间杂交种。

技术领域

本发明属于农业生物技术工程领域，涉及一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记开发及其应用。

背景技术

辣椒属于茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum)植物，相当长一段时间内，辣椒都没有具体的、标准的分类细则，给国际交流、国际育种和种质资源的共享带来了很多阻碍。1753年，Linne首次将辣椒分为一年生椒(Capsicum annuum L.)与灌木状辣椒(Capsicumfrutescens L.)两大类。1898年，Irish在Linne分类的基础上将一年生辣椒分为7个变种：长形椒Var.longum(D.C)Sendt、朝天椒Var.conoides(Mill)Irish、簇生椒Var.fasciculatum(sturt)Irish、线形椒Var.acuminatum Fingern、圆形椒Var.grossumL.Sendt、圆锥椒Var.abberviatum Fingern、樱桃椒Var.cerasiforme(Mill)Irish。1923年，Bailey认为Linne所划分的灌木状椒与一年生椒划应为同一个种，采用C.frutescens L为种名，其下可分为五个变种：樱桃椒var.cerasiforme Bailey、圆锥椒var.conoidesBailey、长辣椒var.longum Bailey、灯笼椒var.grossum Bailey、簇生椒var.fasciculatum Bailey。此外，还有斯密斯(Smith and Heiser，1951-1953)分类，费洛夫(А.Й.ФЙJIОВ,1956)分类，加佐布希(В.JI.Газебущ,1958)分类。

国际植物遗传资源委员会(IBPGR，1983)将辣椒划分32个种，包括栽培种、已被开发利用的其他种和未被人们利用的野生资源。以辣椒的形态特征为依据确定了辣椒的五个栽培种：一年生辣椒(Capsicum annuum L.)、中国辣椒(Capsicum chinense Jacq.)、灌木状辣椒(Capsicum frutescens L.)、下垂辣椒(Capsicum baccatum L.)、柔毛辣椒(Capsicum pubesens RuizPavon)。目前，不同分类在各个国家仍有采用，但是为了便于学术交流和国际合作，各个国家开始逐步统一采用IBPGR的分类。

传统的植物分类都是以植物的形态特征为依据，即根据茎、叶、花、果实等器官的特征进行分类。虽然形态学方法简单直观，但易受环境的影响，可重复性不高。分子标记的稳定性好、信息量大、分析效率高、遗传多态性高，具有广泛的应用基础。插入/缺失多态性(insertion/deletion,InDel)是由于等位基因位点处的DNA序列在不同个体间发生了核苷酸片段的插入/缺失而产生的长度多态性变异。在整个基因组中，Indel标记的多态性频率仅次于SNP标记，远高于SSR标记。InDel标记多态性可通过聚合酶链式反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳或非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳等简单的步骤达到基因分型的目的。InDel标记为共显性标记已广泛应用于高分辨率图谱构建、关联分析、基因定位和种质资源多态性分析等领域。

本发明采用一个Indel标记即可区分辣椒的五个栽培种，在辣椒栽培种的区分和种间杂交种的鉴定等研究方面具有重大应用价值。

发明内容

本发明的目的在于提供一种区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物。

本发明的另一目的是提供该Indel标记引物在区分五个辣椒栽培种中的应用。

一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物，由SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ IDNO.2所示的反向引物组成。