[发明专利]绵羊资源群体的遗传多样性评价方法在审
申请号: | 201810366963.1 | 申请日: | 2018-04-23 |
公开(公告)号: | CN108611425A | 公开(公告)日: | 2018-10-02 |
发明(设计)人: | 周明亮;杨平贵;庞倩;陈明华;蒋世海 | 申请(专利权)人: | 四川省草原科学研究院 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12Q1/6869 |
代理公司: | 北京德崇智捷知识产权代理有限公司 11467 | 代理人: | 律涛 |
地址: | 611743 四川省*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 资源群体 绵羊 遗传多样性评价 微卫星标记 血液样品 性染色体 微卫星标记引物 等位基因分型 遗传多样性 基因组DNA 分子水平 统计分析 验证引物 荧光标记 全面性 数据库 采集 筛选 节约 分析 开发 | ||
1.一种绵羊资源群体的遗传多样性评价方法,其特征在于:包括以下步骤:
a.采集绵羊的血液样品;
b.提取血液样品的基因组DNA;
c.在微卫星标记数据库中筛选30对微卫星标记引物,分布于绵羊26对常染色体和X性染色体,并通过NCBI数据库验证引物序列,微卫星标记采用5-ROX、5'6-FAM(FITC)、5-TAMRA和5-HEX进行荧光标记;
d.PCR扩增及微卫星标记的等位基因分型;
e.统计分析及资源群体的遗传多样性评价,采用软件分析微卫星标记的杂合度和多态信息含量,按照衡量基因变异程度高低的多态信息含量指标,即PIC>0.50的标记为高度多态信息位点,PIC<0.25的标记为低度多态信息位点,0.25<P<0.50的标记为中度多态信息位点,绵羊群体30个微卫星标记的遗传多态信息含量为0.3338~0.8660,其中7个标记为中度多态信息位点,23个标记为高度多态信息位点,群体的平均多态信息含量为0.6257,来表明绵羊资源群体具有丰富的遗传多态性。
2.根据权利要求1所述的绵羊资源群体的遗传多样性评价方法,其特征在于:在步骤a中,所述采集步骤为:采用颈静脉采布拖黑绵羊的血3~4mL,注入加有抗凝剂肝素钠的一次性真空采血管中,随后将采血管180°颠倒混匀5-6次,置于低温保存箱中运输,带回实验室-20°保存备用。
3.根据权利要求1所述的绵羊资源群体的遗传多样性评价方法,其特征在于:在步骤b中,所述提取DNA的步骤为:
1)取血样200μL,加入到1.5mL的EP管中,加入20μL的蛋白酶K溶液后混匀,再加入200μL缓冲液GB,充分颠倒混匀,70℃水浴锅中放置10min;
2)取出EP管,再加入200μL无水乙醇,充分振荡混匀15s,将所得溶液转移至吸附柱CB3中,12000rpm离心30s,倒掉收集管中废液,向吸附柱CB3加入500μL的GD,12000rpm离心30s,倒掉收集管中废液;
3)向吸附柱CB3加入600μL的漂洗液PW,12000rpm离心30s,倒掉收集管中废液,重复一次向吸附柱CB3中加600μL的漂洗液PW、离心及倒掉废液;
4)将吸附柱CB3放回收集管中,12000rpm离心2min,倒掉废液,将吸附柱CB3置于室温数分钟,再转入一个新的EP管中,向吸附柱的中间部位悬空滴加洗脱缓冲液TE,室温放置2~5min,12000rpm离心2min,EP管中的液体即为提取的DNA溶液,进行凝胶电泳检测后置于-20℃环境下保存备用。
4.根据权利要求1所述的绵羊资源群体的遗传多样性评价方法,其特征在于:所述PCR扩增及等位基因分型的步骤为:使用试剂盒,25μL反应体系:2×Taq PCR MasterMix 12.5μL,上、下游引物10mmol/L各1μL,DNA模板1μL,用超纯水补充至25μL,94℃预变性5min,94℃变性30s,56℃-63℃退火30s,72℃延伸30s,共35个循环,最后72℃延伸8min,扩增产物8℃保存。
5.根据权利要求1所述的绵羊资源群体的遗传多样性评价方法,其特征在于:步骤e中,所述软件为Cervus3.0软件。
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