[发明专利]用于鲁西牛谱系建立的SNP分子标记组合

说明书

本发明提供的用于鲁西牛谱系建立的SNP分子标记组合包含100个分布于29条常染色体上的SNP标记，同一染色体上相邻SNP标记的平均距离为24M。该标记组合的最小等位基因频率(MAF)、期望杂合度(HExp)、多态信息含量(PIC)的平均值分别为0.4836、0.4997、0.3751；累计排除概率为0.9991。本发明的SNP标记组合可用于鲁西牛完整、准确的系谱鉴定，可提高了鲁西牛育种准确性，加快了其遗传进展，具有良好的应用前景和经济效益。

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及鲁西牛谱系建立鉴定的SNP分子标记组合及其应用。

背景技术

系谱信息在牛育种中有着重要的作用。错误的系谱会大大降低遗传评定准确性，影响选种选配的效果，降低群体的遗传进展，给养牛业带来巨大经济影响。然而，在实际养殖生产中，系谱记录错误是难免的，它受多种因素影响，如配种记录、产犊记录、系谱录入及整理中的人为错误等等，尤其在饲养粗放的散养式牧场，犊牛出生后很难确定父亲甚至双亲，往往会造成系谱错误。全世界各国牛群平均系谱错误率可达11％(Banos等，2001)等，，不同国家由于饲养方式和生产管理情况不同，系谱错误率也存在一定差异，但系谱错误在实际生产管理中难以完全避免。郭刚等(2012)研究表明，北京地区的荷斯坦母牛的系谱错误率平均为 20.9％。如果按照世界平均的11％系谱错误率发生在实际生产中，会导致近交系数、公畜方差和跨国间的遗传相关等的估计值偏低。Israel和weller等(2000)的模拟研究表明，如果系谱错误率达10％，假设遗传力为0.25，在20年内以色列肉牛的群体遗传进展将会损失4.3％。在奶牛的遗传评估过程中，如果母牛的父亲记录错误率为11％，群体遗传进展将会降低 11～15％。weller等提出，要保证每年牛群的遗传进展在1％以上，系谱错误率需控制在8％以下。因此，完整、准确的系谱对整个养牛业的生产与发展十分必要。

鲁西牛亦称“山东牛”，是中国黄牛的优良地方品种。原产山东西南地区，主要产于山东省西南部的菏泽和济宁两地区，北自黄河，南至黄河故道，东至运河两岸的三角地带。鲁西牛是中国中原四大牛种之一，以优质育肥性能著称。毛色多黄褐、赤褐。体型大，前躯发达，垂皮大，肌肉丰满，四肢开阔，蹄圆质坚。成年公牛体重500KG以上，母牛350KG以上。挽力大而能持久。性温驯，易肥育，肉质良好。但是由于养殖方式粗放，在配种过程中，既有公牛本交，又有人工授精，加之在人工授精过程中认为操作失误，谱系错误率高达30％左右，。因此，为了准确估计鲁西牛个体育种值，获得最大的遗传进展，亲缘关系的确认非常重要。1983年发布《山东省地方标准——鲁西黄牛》(DB37/T068——1983)，2005年发布修订的《山东省地方标准——鲁西黄牛》(DB37/T514——2004)。1983年鲁西牛列入《山东省畜禽品种志》，1988年，收录于《中国牛品种志》；2011年收录于《中国畜禽遗传资源志，牛志》。

自从“DNA”指纹技术发明以来，认定亲子关系变为现实，亲子鉴定进入分子水平阶段，主要包括DNA指纹技术、微卫星及SNP法。目前应用较多的方法为微卫星法，如国际上ISA(International society for Animal Genetics)推荐的；田菲(2006)、张毅(2009)分别对微卫星标记亲子鉴定方法进行了构建和完善。但是，微卫星标记的判型工作复杂繁琐且判型周期长。应用Genemapper V4.0软件进行基因判型后，根据峰值和片段大小进行基因分型时，由于微卫星核心序列存在重复单元，在进行PCR扩增时极易产生打滑现象，形成山字峰，从而干扰等位基因的判定。而SNP标记，即单核普酸多态性(Single NucleotidePolymorphism) 标记，与微卫星标记相比，SNP标记具有以下优点。

(1)SNP标记一般为二等位基因，在该位置上只存在两种不同的碱基，二进制的形式可以通过计算机实现自动化，大大减少了人为因素错误。因此与微卫星标记相比，标记判型简单，且准确性高。