[发明专利]结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用

说明书

本发明涉及一种结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用，具体涉及新的漏注释编码基因Rv1796c(‑|2034439‑2034570|)，其可用作结核分枝杆菌复合群分子鉴定的标准基因，用于结核分枝杆菌复合群的分子鉴定及临床检测。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体涉及对病原菌物种进行鉴定。

背景技术

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)是引起人类结核病的病原菌。可入额侵全身各器官，但以肺结核为最多见。结核病是至今极为重要的传染病，严重威胁人类生命健康。据WHO报道，每年约有800万新病例发生，至少有300万人死于该病。MTB的临床菌株难培养、生长缓慢、与其它分枝杆菌能交叉感染、结核病与其它呼吸道感染症状难区分等特征，给临床快速诊断和治疗带来了极大的困难。故建立快速、准确、特异、敏感、廉价的结核病检测方法，许多是有效治疗、控制结核病蔓延的必要前提，也是临床实验室分枝杆菌检测面临的新挑战和新任务。

结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)，包括M.tuberculosis、M.africanum、M.orygis、M.bovis、M.microti、M.canettii、M.caprae、M.pinnipedii、M.suricattae、M.mungi等分枝杆菌类群，这些物种均会引起人和其它生命体结核病。目前国内外对MTBC的鉴定方法主要分为以下三类：传统分离培养法；分子水平检测(IS6110、限制性片段长度多态性分析、多位点可变数目重复片段多态性分析等)；菌体成分(脂肪酸、分枝菌酸)色谱分析方法。三类方法虽都有各自的优点，但也有不足之处，如传统分离培养周期长和菌体可培养率低；目前分子水平检测在特异性、灵敏性和简便性方面尚差些；菌体成分特性分析成本较高、操作复杂。

MTB H37Rv于1998年完成全基因组测序，是最早完成全图测序的MTB菌株。自此，各国研究者们基于算法优化、注释软件更新、转录组学和蛋白质组学等策略，一直在完善、补充H37Rv基因注释数据库。然而，由于MTB属于原核生物，由于原核生物基因组注释技术本身的不足，在基因组注释中尚可能存在注释错误(过度注释、基因边界错误和ORF起始、终止位点错误、可变剪接、核糖体移位、漏注释)，给深入、准确解析生物学机制带来了困扰。为解决此难题，蛋白质基因组学(Proteogenomics)虽已被用于H37Rv已注释基因的校正，然而，高比例假阳性、常规技术难以进行注释基因预测、新基因验证、新基因功能分析及其应用等是该领域所面临的难题。

总的来说，传统结核分枝杆菌复合群(MTBC)鉴定策略具有周期长、步骤繁琐、特异性和灵敏度不高等缺陷。为进一步完善对H37Rv全基因组重新注释，发现H37Rv中遗漏注释基因，确保H37Rv全基因组遗漏注释基因及其在MTBC分子鉴定中的应用技术得到有效保护，开发利用H37Rv新基因在MTBC类群中快速精准鉴别的方法势在必行。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种结核分枝杆菌H37Rv新的编码基因，该基因为H37Rv漏注释编码基因Rv1796c(-|2034439-2034570|)，其可用作结核分枝杆菌复合群条形码分子标记，用于检测结核分枝杆菌复合群，其序列如SEQ ID NO.1所示。

本发明的其他目的包括提供可用于扩增上述编码基因的特异性PCR引物以及提供一种检测或鉴定样品中是否存在结合分枝杆菌复合群的检测方法；本发明还提供与上述编码基因相关的检测试剂盒和上述基因的应用。