[发明专利]菊芋EST-SSR分子标记开发及应用

说明书

本发明公开了一种菊芋EST‑SSR分子标记开发及应用，涉及分子标记领域，该菊芋EST‑SSR分子标记开发以45份菊芋品种为材料，旨在通过对菊芋EST数据库中SSR信息进行分析，发掘SSR位点探明其规律，并开发EST‑SSR标记并分析其多态性，目的是为开发与利用菊芋EST资源、丰富菊芋分子标记类型，为遗传多样性分析、功能基因的发现与定位、种质资源鉴定等方面的应用与研究提供技术支持和理论依据；并为下一步进行菊芋特异基因片段的克隆、核心资源构建以及抗性评价提供依据。

技术领域

本发明涉及分子标记领域，特别涉及一种菊芋EST-SSR分子标记开发及应用。

背景技术

近年来菊芋的生理功能引起了医学、食品、生态技术等领域的广泛关注。菊芋生物量大，其块茎富含果聚糖，通过工业提取可进一步生产低聚果糖和超高果糖浆等产品，是是待开发的能源植物之一。在生态方面，菊芋用于治理沙漠和利用滩涂方面的研究较多。简单重复序列(Simple sequence repeat，SSR)标记自从1989年被建立以来，由于其多态性高，检测容易，数量丰富，特异性和共显性等特点，已被广泛用于遗传图谱绘制、重要农艺性状的基因定位、生物遗传多样性、遗传进化、品种鉴定等诸多方面。构建DNA指纹图谱是SSR分子标记技术利用的一个重要方面，目前在小麦、油菜、马铃薯、番茄等多个作物中。根据SSR标记的序列性质不同，SSR标记可以分为基因组SSR(genomic SSR，gSSR)和表达序列标签SSR(expressed sequence tag SSR，EST-SSR)。gSSR分子标记开发需要构建基因组文库、制备探针和分子杂交等过程，制约了其发展和应用。随着GenBank中许多重要物种的EST急剧增加，使其成为一种新的和有效的SSR标记来源。

对菊芋SSR的研究已经取得了一定的进展，在菊芋的遗传研究中显现出了广泛的应用前景。在菊芋基因组测序尚未完成之际，目前对菊芋SSR标记的开发主要是通过同源转移开发，虽然同源转移开发在很多物种上已经有成功报道，但是受到物种间共线性和微线性不强的局限性，开发效果并不理想，可供菊芋利用的SSR标记数目太少，无法满足进一步研究的需求。而利用EST数据开发的EST-SSR标记简单有效，还具有良好的种属间通用性等，且由于EST是基因组的一部分，其变化可能直接影响基因的功能的表达。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种菊芋EST-SSR分子标记开发及应用，为开发与利用菊芋EST资源、丰富菊芋分子标记类型，为遗传多样性分析、功能基因的发现与定位、种质资源鉴定等方面的应用与研究提供技术支持和理论依据。