[发明专利]基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对及其应用

说明书

本发明公开了一种基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对，共28对。所述SSR标记引物对是基于转录组序列开发得到的，克服了传统方式开发SSR标记步骤繁琐、工作量大、成本高的问题。最终进行SSR引物筛选与葛根种质资源遗传多样性分析，验证了SSR引物的有效性。本发明获得的SSR标记引物对是稳定存在的新标记，能够实现对葛根种质资源鉴定，亲缘关系鉴定及遗传多样性分析等奠定基础，具有很大的科学价值与应用价值。

技术领域

本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对及其应用。

背景技术

葛根是豆科葛属(Pueraria DC.)多年生植物，素有“北参南葛”、“亚洲人参”之美誉，野葛(Pueraria lobata)和粉葛(Pueraria thomsonii)是我国葛属植物中分布最广的两个种，是我国药食同源的两种主要的种。葛根含有葛根素、黄酮等药用成分，具有美容丰胸、解肌、透疹、止泻、降脂、降糖、解酒、等功效。葛根富含淀粉，可作为非粮生物质新材料，避开产业发展中“与民争粮，与粮争地”的瓶颈，具有巨大的开发潜力。葛根生长迅速、生物量高、适应性好，2014国际葛根健康产业发展论坛透露，我国野葛和粉葛面积近100万公顷，具有很好的市场前景。广西葛根种植面积50多万亩，分布面积广，隆林、桂林、容县、凌云、崇左、梧州、天等、钦州、玉林等地均有种植，其中藤县年种植粉葛面积就超过10万亩，超过全国面积的1/5，对当地农民增收与农业结构调整有着重要意义。

葛根是我国具有自主知识产权的新药的研究领域，在中国种植历史悠久，但是长期以来主要靠采收野生资源供药用，因过度的采挖，以及资源保护和品种选育研究滞后，一些优良的葛根资源正在减少和消失。近年来，品种收集、评价和遗传多样性分析等研究受到了相应的重视。近几年，研究者已经相继用RAPD，ISSR，SRAP等标记对葛根的遗传多样性开展了研究，但针对广西地方品种的研究没有报道。

简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记随机分布在基因组中，共显性，丰度高，多态性高，相比于EST-SSR标记，转录组开发的SSR频率更高，能提高遗传多样性分析的准确性。相比于基于基因组文库开发的SSR标记，转录组开发的SSR特异性地靶向基因组的转录区，一旦基因功能得到证实，可直接用于辅助选择育种，增加了与性状决定基因连锁的潜力。

本发明通过对葛根转录组测序发掘到一批Unigenes，从中搜索到大量SSR位点(包括单核苷酸重复至六核苷酸重复)，设计并合成引物对，检测了一批广西来源的葛根资源的遗传相似性，验证了这些SSR引物的可用性。

发明内容

本发明的目的在于：针对上述存在的不足，本发明提供了基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对及其应用。本发明采用生物信息学途径进行葛根SSR标记引物的开发，可大批量开发SSR标记引物，获得的SSR标记引物对是稳定存在的新标记，SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性、易检测、操作简单、等优点，比现有技术信息更全面、通用性好、效率更高，克服了传统方式开发SSR标记步骤繁琐、工作量大、成本高的问题。本发明获得的SSR引物对能够实现对葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助育种等研究，具有很大的科学价值与应用价值。

为了达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对，其特征在于：所述引物对共28对，分别为：

第一对引物，其引物序列为：其正向引物序列如SEQ ID NO:1所示，反向引物序列如SEQ ID NO:2所示；

第二对引物，其引物序列为：其正向引物序列如SEQ ID NO:3所示，反向引物序列如SEQ ID NO:4所示；

第三对引物，其引物序列为：其正向引物序列如SEQ ID NO:5所示，反向引物序列如SEQ ID NO:6所示；