[发明专利]检测染色体非整倍性的方法、装置及系统

权利要求书

1.一种检测染色体非整倍性的方法，其特征在于，包括：

(1)对待测样本中的至少一部分核酸进行测序，获得包括读段的测序结果；

(2)将所述读段比对到第一参考序列，获得比对结果，所述比对结果包括所述读段定位于具体染色体的信息，所述第一参考序列为参考基因组上的比对能力为1的区域的集合，比对能力为1的区域为定位到所述参考基因组上唯一位置的区域；

(3)对于第一染色体，基于所述比对结果，确定定位到该第一染色体的读段的量；

(4)比较所述定位到该第一染色体的读段的量与阴性样本中的定位到相应第一染色体的读段的量，以判定该第一染色体的数目。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述区域的比对能力的确定包括：

以大小为L1的第一窗口对所述参考基因组进行滑窗，获得多个所述区域，任选的，所述滑窗的步长为1bp；

将所述区域比对到所述参考基因组，基于所述区域比对到所述参考基因组的位置的数目计算该区域的比对能力；

任选的，

所述阴性样本的数目不小于20个，任选的不小于30个；

任选的，

以如下方式确定阴性样本中定位到相应第一染色体的读段的量：

以阴性样本替代待测样本进行(1)-(3)，以确定定位到该阴性样本的第一染色体的读段的量；

以多个阴性样本的第一染色体的读段的量的均值作为阴性样本中定位到相应第一染色体的读段的量；

任选的，

所述第一参考序列为去除了下表所示区域的人参考基因组hg19序列中的至少一部分：

任选的，

所述第一参考序列为去除了符合以下条件的第二窗口对应的区域的参考基因组的至少一部分：该第二窗口的测序深度不小于所有第二窗口的测序深度的平均值的4倍，任选的，该第二窗口的测序深度不小于所有第二窗口的测序深度的平均值的6倍；

所述第二窗口通过利用大小为L2的窗口对所述参考基因组进行滑窗获得，任选的，所述滑窗的步长为L2，所述第二窗口的测序深度为比对上该第二窗口的读段的数目与该第二窗口大小的比值；

任选的，

所述第一参考序列为对参考基因组上第二窗口对应的区域进行以下处理的参考基因组的至少一部分进行以下处理：对百分位数大于98的第二窗口的测序深度赋值为百分位数等于98的第二窗口的测序深度，任选的，对百分位数大于99的第二窗口的测序深度赋值为百分位数等于99的第二窗口的测序深度；

所述第二窗口通过利用大小为L2的窗口对所述参考基因组进行滑窗获得，任选的，所述滑窗的步长为L2，所述第二窗口的测序深度为比对上该第二窗口的读段的数目与该第二窗口大小L2的比值；

任选的，

所述方法包括，在进行步骤(3)之前，进行如下(i)-(iii)中至少一项：

(i)去除所述测序结果中的长度不大于预定长度的读段；

(ii)去除所述比对结果中非定位到第一参考序列唯一位置的读段；

(iii)去除所述比对结果中错误率不小于预定错误率的读段，读段的错误率为比对后该读段上为插入、缺失和错配的碱基中的至少一种所占的比例。