[发明专利]用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供了一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋能力的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析（GWAS）和限制性内切酶长度多态性（PCR‑RFLP）技术方法，首次在母鸡基因组上筛选到3个与母鸡产蛋后期产蛋率相关联的SNP分子标记，位于13号染色体。该SNP位点的多态性与母鸡的产蛋后期产蛋率显著关联，所述的SNP分子标记可以单独使用，用于选择和改良母鸡的产蛋后期产蛋率。

技术领域

本发明属于家畜繁殖性状的分子标记选择技术领域，具体涉及3个与母鸡产蛋后期产蛋率相关的SNPs分子标记及其应用。

背景技术

母鸡的产蛋后期产蛋率是指母鸡淘汰前2个月产蛋总个数占产蛋总天数的百分率。从整个产蛋群体的产蛋率来看，产蛋高峰期过后，产蛋率以大约每周1％的速度下降，下降的原因有2种：一是整个群体的所有母鸡个体产蛋率均匀下降，导致整体产蛋率下降；二是群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降。发明人通过对2个群体(群体1:858只，群体2:818只有效个体)，共1676只母鸡的淘汰前2个月的个体产蛋记录的分析，发现群体产蛋率下降属于第二种情况，即：群体中每个个体产蛋率下降速度各不相同，有些个体产蛋率维持不变，有些个体产蛋率缓慢下降，有些个体产蛋率迅速下降，使整个群体的产蛋率下降，我们发现部分母鸡到淘汰时仍然有95-100％的产蛋率。在生产中如果能够对产蛋率高的母鸡进行选择，则可延长母鸡高峰期的时长，降低饲养成本增加生产效益。利用全基因组关联分析(GWAS)检测与性状相关联的SNPs及基因组区域，可大大提高工作效率和统计效力。本研究是目前首例利用鸡全基因组SNP芯片(600K，Affymetrix)对鸡产蛋后期产蛋率进行全基因组关联分析，在全基因组范围内检测与母鸡产蛋后期产蛋率相关联SNPs及基因组区域的报道，该项研究工作国家基金资助下完成，项目编号：31372301，项目名称：鸡贮精能力差异相关新基因的筛选及其分子机制初探。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析首次在母鸡13号染色体上筛选到3个与产蛋后期产蛋率相关联的SNP分子标记。

为了实现上述目的，本发明通过以下技术方案实现：

用于选择母鸡产蛋后期产蛋率的SNP分子标记，位于13号染色体，所述分子标记有3个，单独使用，核苷酸序列如下所示：

分子标记1的核苷酸序列(SEQ ID NO.1)如下所示：

CCTGTTAGCCRCCTTAAGAAG

上述序列第11位碱基R是T或C，导致多态性；

分子标记2的核苷酸序列(SEQ ID NO.2)如下所示：

AGAGACACAGRAATGAGTGCC

上述序列第11位碱基R是A或G，导致多态性；

分子标记3的核苷酸序列(SEQ ID NO.3)如下所示：

TAGCAGGATCRCCTTCAAAGT

上述序列第11位碱基R是A或G，导致多态性。

上述SNP分子标记通过下述方法筛选获得：

1)实验样品采集：采集试验鸡血样用于DNA提取；

2)母鸡产蛋后期产蛋率的测定：淘汰日龄前2个月，母鸡单笼饲养，记录母鸡每天的产蛋情况，统计60天内母鸡的产蛋个数，产蛋总个数与总天数的比值百分数，作为产蛋后期产蛋率；

3)鸡基因组DNA的提取与检测：从试验鸡血样中提取鸡基因组DNA，制备母鸡全基因组DNA样品；