[发明专利]TGFB3基因多态性作为猪体长和乳头数的遗传标记及应用

说明书

本发明属于动物遗传标记筛选技术领域，具体涉及TGFB3基因多态性作为猪体长和乳头数的遗传标记及应用。该标记从猪TGFB3基因中筛选得到，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1和图2所示，在该序列139位碱基处发生一个T/A碱基突变，导致Hinf I‑RFLP多态性。筛选方法为：从猪血液中提取基因组DNA，设计引物，进行PCR扩增，PCR产物克隆、测序，序列比对分析，SNP检测，标记与表型性状间相关性分析。公开了猪TGFB3基因第6外显子区的SNP分型检测技术，发现该T/A突变位点与猪的体长、乳头数性状显著相关。本发明为猪标记辅助选择提供了新的遗传标记资源。

技术领域

本发明属于动物遗传标记筛选技术领域，具体涉及TGFB3基因多态性作为猪体长和乳头数的遗传标记及应用。所述的遗传标记分离自TGFB3基因的第6外显子区域。本发明还包括该遗传标记在猪标记辅助选择关联分析中的应用。

背景技术

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，包括单碱基的插入、缺失、转换和颠换等。由于分布的广泛性和稳定性，在动物分子标记辅助选择(Marker-assisted Selection，MAS)育种上发挥着重要作用。成为加快猪重要经济性状尤其是那些限性性状遗传改良的可行性技术。基于此，进一步鉴定与猪经济性状相关的遗传标记，进而借助MAS将大大提高选种的准确性。

体长和乳头数是评估种猪性能高低参与选种的重要参数，前者影响其体型性状，后者对保证母猪哺乳能力、带仔头数具有直接作用。据报道，猪乳头数的遗传力在0.32～0.39(Lundeheim et al 2013)，体长性状的遗传力在0.29～0.55(de Sevilla et al2009)，皆为中等以上遗传力。相关研究表明，影响猪乳头数变化定位的QTL与肋骨数及体长具有一定相关性，说明这些性状可能是由相同基因所调控(RohrerandDan 2017)。到目前为止，猪7号染色体上的VRTN基因第1内含子g.20311-20312ins291多态性位点是鉴定的已知影响猪肋骨数变异的一个主效位点，且与乳头数、体长性状显著相关(Mikawa et al 2011；Yang et al 2016)。Verardo等通过对猪乳头数进行全基因组关联分析(Genome-WideAssociation Study,GWAS)，在猪的7号染色体105224235bp位置定位到一个新的候选基因转化生长因子β3(transforming growth factor beta3,TGFB3)(Verardo et al 2016)。与此报道的QTL相一致的是，Zhu等在7号染色体105.38Mb基因组区域定位的候选基因TGFB3与肋骨数相关(Zhu et al 2015)。因此，猪7号染色体105.22Mb～105.38Mb所在的QTL，与猪肋骨数、体长和乳头数具有潜在相关的遗传效应。

TGFB3基因的生物学功能主要涉及骨骼发育调控。人TGFB3基因具有促进其骨髓或者脂肪组织来源的间充质干细胞形成软骨的能力，在该过程中BMP2基因增强TGFB3基因的生物学功能，共同发挥着调控作用(Rui et al 2010)。Wang等利用全层软骨病变猪模型分离骨髓间充质干细胞，通过腺病毒包装TGFB3和BMP2基因转染该细胞，检测结果表明这两个基因的表达量升高对全层软骨病变具有良好的修复及愈后能力(Wang et al 2014)。另外，在小鼠模型上研究表明，同时双敲除TGFB2和TGFB3基因的小鼠，与野生鼠对比出现肋骨数减少，说明TGFB3可能是影响肋骨数变异的一个候选基因。因此，本研究选择该基因进行SNPs的检测，并鉴定与猪重要经济性状相关的分子标记。

发明内容

本发明的目的是筛选一种与猪体长和乳头数性状关联的遗传标记。通过克隆猪TGFB3基因第6内含子序列，运用直接测序法寻找SNP位点，并建立了相应的SNP检测方法，分析该突变位点与猪经济性状的关联性。从而为猪育种建立新的标记辅助选择位点。

本发明通过以下技术方案实现：