[发明专利]用于检测肠道病毒的核酸及其应用

说明书

本发明涉及用于检测肠道病毒、尤其是CoxA16型/EV71型/EV通用型的核酸、包含所述核酸的试剂盒以及所述核酸的应用。

技术领域

本发明涉及用于检测肠道病毒、尤其是CoxA16型/EV71型/EV通用型的核酸及其应用。

背景技术

手足口病由人肠道病毒引起的儿童常见急性传染病。临床上以发热和手、足、口腔等部位皮疹或疱疹为主要特征。肠道病毒属的柯萨奇病毒(Coxsackie virus)A组16、4、5、7、9、10型，B组2、5型；埃可病毒(ECHO viruses)和肠道病毒71型(EV 71)等均能引起手足口病，其中起主要作用的为肠道病毒71型(EV71)，柯萨奇A16(CA16)。手足口病由人肠道病毒引起的儿童常见急性传染病，大多数患儿症状轻微，少数患儿可并发无菌性脑膜炎、脑炎、急性弛缓性麻痹、呼吸道感染和心肌炎等，个别重症患儿病情进展快。为有效防止手足口病疫情扩散，相关省市卫生主管部门也启动疫情防控应急预案，力争将疫情控制到最小范围，减轻疫情危害。因此，需要开发能有效监测手足口病的的检测试剂盒。

此外，肠道病毒感染的特异性诊断方法有三种，即病毒分离鉴定、血清学检测和分子生物学技术，操作繁琐、耗时、敏感性低、特异性差，不适宜作为病毒的早期诊断。需要开发一种既能有效节约检测成本和时间又能有效监测手足口病的的检测试剂盒。

发明内容

一方面，本发明提供用于检测肠道病毒(尤其是CoxA16型/EV71型/EV通用型)的核酸。

用于检测CoxA16型的核酸(例如引物或探针)包含来源于或用于扩增或检测CoxA16型A序列或B序列的核苷酸序列。所述A序列对应于GenBank登录号KC117318序列中的61－254位置，优选为：

CGGAGTGTTTCGCTCAGCACTTCCCCCGTGTAGATCAGGTCGATGAGTCACTGTAAACCCCACGGGCGACCGTGACAGTGGCTGCGTTGGCGGCCTGCCCATGGGGTAACCCATGGGACGCTCTAATACAGACATGGTGTGAAGAGTCTATTGAGCTAGTTAGTAGTCCTCCGGCCCCTGAATG(SEQ ID NO:1)。

所述B序列对应于GenBank登录号gb|KF055245.1|序列中的序列中的4365－4460位置，优选为：

AAGGATGAACAACTACATGCAGTTCAAGAGCAAACACCGTATTGAACCTGTATGTTTAATCATTAGAGGCTCCCCAGGAACAGGTAA(SEQ ID NO:2)。

用于检测EV71型的核酸(例如引物或探针)包含来源于或用于扩增或检测EV71型A和/或B序列的核苷酸序列。所述A序列对应于GenBank登录号FJ606449.1序列中的5678-5783位置，优选为：

AGTGATGCCACCCTAGTGATCAACACGGAGCACATGCCATCAATGTTTGTCCCGGTGGGTGACGTTGTGCAGTATGGCTTCTTGAATCTCAGTGGTAAGCCTACCC(SEQ ID NO:3)。

所述B序列对应于GenBank登录号gb|KC436271.1|序列中的4288-4430位置，优选为：

TGAAGTCATGTTTGGGAATGTGTCGTACCTAGCCCACTTCTGTCGCAAGTTCCAACCGCTATACGCCACGGAAGCTAAAAGAGTCTATGCCCTGGAGAAGAGAATGAATAATTATATGCAGTTCAAGAGCAAACACCG

(SEQ ID NO:4)。