[发明专利]与母猪肢蹄骨密度相关的SNP分子标记

说明书

本发明属于动物分子标记制备筛选技术领域，具体涉及一种与母猪肢蹄骨密度相关的SNP分子标记。该分子标记克隆自登陆号为MARC0002557的基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型，筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位的碱基处存在一个C/T的等位基因突变，且当SEQ ID NO：1上的第51位核苷酸为T时，则证明母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明还公开了与母猪肢蹄骨密度相关分子标记的制备方法及其关联分析方法的应用。本发明为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。

技术领域

本发明属于动物分子标记制备与筛选技术领域，具体涉及与母猪肢蹄骨密度相关SNP的分子标记。本发明的分子标记可用于猪肢蹄骨密度性状的预测。

背景技术

随着科技的发展，猪养殖业在遗传育种、营养调控以及疾病防控等方面均取得了显著突破，商品猪的瘦肉率、料肉比以及生长速度均有了巨大的提升。但伴随集约化养殖而来的便是日益突出的肢蹄问题，为了集约化生产，猪群的活动范围有限，另外栏舍的设计(采用常用的漏缝地板)更是加剧了猪肢蹄病的发生。据报道，在所有通过性能测定的后备公猪中，有20-50％的后备公猪因肢蹄软弱而被淘汰，在生产母猪中由于肢蹄软弱而被淘汰的母猪也高达6.1-15％(张徐非等.位置功能候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度的关联性[J]，中国农业科学,2016,49(20):4030-4039)。另外，由于生产成本的限制，猪的肢蹄一旦出现问题，只有极少数能够被治愈(郭春艳.浅谈母猪肢蹄病的发病原因及防治措施[J].农家致富顾问,2017(16):20-20.)，绝大多数则采取淘汰措施，给猪养殖业造成了巨大的经济损失。

肢蹄结实度，是指肢蹄健康程度和四肢运动协调程度的综合反应，但为了研究方便一般用其对立面-肢蹄软弱(leg weakness)来衡量。总的来说，肢蹄结实度可以从肢蹄评分、步态评分、腿型评分、骨矿物含量和骨密度、软骨病评分、关节面软骨评分及肱二头肌长度等多个方面衡量(候利娟等，猪肢蹄结实度的遗传解析进展，猪业科学2013:94-7)。而骨密度是人类骨质疏松诊断的一个重要参照标准(程晓光.骨密度测量和骨质疏松诊断[J].国际内分泌代谢杂志,2005,25(5):308-310.)。另外，有报道称骨密度(Bone MineralDensity,BMD)可以反映骨骼强度的58-70％(曹海伟等，定量超声与双能骨密度测定在骨质疏松诊断中的应用及评价[J].，中国骨质疏松杂志,2001,7(2):110-112)。由此可见，骨密度在动物骨骼强度的研究中是一个重要指标，但由于各种生产条件的限制，人们对于家畜骨骼的研究十分罕见。

骨密度，即单位体积骨矿物质的含量，单位为g/cm3，常见的骨密度测定方法有放射吸收法、双能X射线测定法、定量计算机断层扫描技术以及轴向超声波传播技术等(曹健，骨密度(BMD)测定的应用评价[J]，医药前沿,2013(2))，其中双能X射线测定法及定量计算机断层扫描技术应用最广，但双能X射线测量技术测定得为面积骨密度，受物体几何体积的影响，而定量计算机断层扫描技术可以更准确地测量动物骨密度，但其设备价格昂贵(刘珺，双能X线骨密度仪与定量CT测量骨密度的比较研究[D]，中南大学,2005)，且操作十分麻烦(对于大型家畜需要麻醉后进行)，大大限制了其在动物骨密度研究中的应用。而超声波骨轴传播技术，是近年来新兴的一种骨密度测定技术，其不仅能够测定动物骨密度，在一定程度上还可以反映动物骨强度及骨结构的情况，具有简便、无辐射损伤、重复精度高、且价格便宜，易于携带的优点(孙涛等，骨密度无损测定方法简介及其最新进展[J]，中国医疗设备,2009,24(1):49-51)。由此可以看出，利用超声骨轴传播技术测定猪肢蹄骨密度，并利用GWAS筛选出与中肢蹄骨密度相关的SNP分子标记，为家猪肢蹄性状的遗传选良提供了一种可行途径，对于猪养殖业具有重要意义。

本发明中发现的SNP与猪肢蹄骨密度性状的相关性达到了显著水平，为家猪肢蹄结实度性状的研究提供了新的遗传资源。

发明内容