[发明专利]一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法和SNP位点及其引物

说明书

本发明公开了一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，首先SNP panel设计：选取近交系小鼠品系，筛选与其它品系特异性区分位点和常规遗传质量监控位点，前者以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；后者在特异性区分位点的基础上，按照每对染色体4‑5个等间距位点原则将SNP panel的位点补足为96个；然后设计SNP位点引物；再提取样本DNA，用KASP法进行基因分型，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控。本发明还公开了一种近交系遗传质量监控的SNP位点及SNP位点引物。

技术领域

本发明属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，涉及一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，尤其涉及一种基于KASP法进行SNP分型的检测方法及SNP位点和其引物。

背景技术

实验动物质量控制是实验动物行业健康发展的核心问题，小鼠微生物质量控制及遗传背景质量控制是其中的重要控制因素。国内的遗传质量监控缺少成熟的行业标准，建立一种快速且精准性高的高通量基因分型技术平台至关重要。

用于遗传背景质量控制检测方法主要有3种：生化标记分析法、微卫星DNA、SNP(单核苷酸的多态性)检测等。目前国际所规定的遗传检测方法是生化标记分析法，这一方法是检测同工酶或异构蛋白酶的变化来推测相应的基因变化；使用此方法进行检测，存在准确度低、灵敏度低、检测位点有限、反映遗传概貌有限等弊端。而分子遗传标记可以对实验动物进行更精细的监管，是一种更完善的实验动物质量检测手段；其中SNP检测作为分子遗传标记的一门技术，在基因组水平上检测由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性；SNP所表现的多态性可以监测到单个碱基的变异，具有密度高、代表性、遗传稳定性等特点，能够全面地反映基因组的遗传及变异情况。

KASP法是指竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)，以高灵敏度的荧光检测为基础，对目标SNPs进行精准的双等位基因分型。与传统Taqman技术不同的是，此种方法无需对靶点即特异性引物/探针进行标记，不需要根据每个SNP位点合成特异的荧光引物，其独特的ARM PCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，大大降低了实验成本。优化的PCR体系可满足不同位点高通量反应的需求，既有金标准的准确，又降低了使用成本，比Taqman具有更好的位点适应性。KASP技术将传统检测等位基因的2个反应合成了1个反应，成本低。SNPs检测不但弥补了传统PCR、切胶、测序流程时间长的缺点，而且大大节省了测序的费用。

发明内容

目前的SNP检测panel由于受到操作技术及检测成本的制约，导致样本检测通量较低、位点的选择受到限制，针对现有技术中存在的缺点，本发明的目的在于提供一种高通量、多位点、低成本、快速用于近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法

本发明的目的还在于提供一组位点在近交系遗传质量监控中作为的SNP位点的应用。

本发明的目的还在于提供一种近交系遗传质量监控的SNP位点引物。

本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：

一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，包括如下步骤：