[发明专利]与母猪肢蹄骨密度相关的VTCN1基因的SNP遗传标记

说明书

本发明属于动物遗传标记筛选领域，具体涉及与母猪肢蹄骨密度相关的VTCN1基因的SNP遗传标记。该标记克隆自Ensemble数据库登录号为ALGA0027556的序列，其位于VTCN1基因的外显子区域。利用基因芯片技术对VTCN1基因进行分型，筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，该序列的第101位的碱基处存在一个A/G的等位基因突变，导致多态性，当SEQ ID NO：1上的第101位的核苷酸为A时，判定母猪的肢蹄具有更高的骨密度。公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关遗传标记的方法及关联分析，为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了新的SNP标记。

技术领域

本发明涉及猪遗传标记制备技术领域，具体涉及与母猪肢蹄骨密度相关SNP的遗传标记。本发明的遗传标记克隆自VTCN1基因，所述的遗传标记可用于猪肢蹄骨密度性状的预测。

背景技术

目前，为了提高猪的瘦肉率和生长效率，我国大量从国外引进瘦肉型猪种，瘦肉型猪生产速度快，骨发育跟不上，肢蹄结实度下降(柳小春等，1991)。肢蹄结实度，是指肢蹄健康程度和四肢运动协调程度的综合反应，具有低到中等遗传力(Jorgensen和Andersen，2000)，可以通过遗传手段进行遗传改良。总的来说，肢蹄结实度可以从肢蹄结构评分、骨矿物含量和骨密度等多个方面衡量(候利娟，2013)，肢蹄结构评分等评分结果受主观因素影响较大，而骨密度是通过仪器测量所得，将其作为衡量猪肢蹄结实度的指标具有一定的科学性、客观性。再者骨密度能反映骨骼的硬度和骨折风险(Rüegsegger，1991)，是人类骨质疏松的判断指标(杨小明等，2004)，可以作为肢蹄结实度的主要评估依据。在种猪选育过程中，如果能将骨密度作为一个育种指标，选育高产而又肢蹄结实的猪群，对提高肢蹄结实度、增加种猪使用年限、减少药物使用具有重要意义，是提高猪群的肢蹄健康程度、降低生产成本的有效途径。

骨密度，是指单位体积骨矿物质的含量，单位为g/cm³，常见的骨密度测定方法有电子计算机断层扫描技术(CT)、X-双能射线(DXA)、超声波技术等，它们客观性强、精准度高、可以进行无损测定(Scholz et al，2015)。但CT扫描仪、X-双能射线(DXA)仪器较为昂贵，一般只在人上使用，在家畜上的使用鲜有报道，相比之下超声波仪价格虽然不低，但后期测量成本较低，且准确性较高，在种猪选育过程中测量骨密度具有一定的可行性，可以作为种猪选育过程中对肢蹄结实度的判断标准。

VTCN1是免疫调节的重要基因，在免疫调节中起关键作用，与多种疾病相关，其中的幼年特发性关节炎(JIA)是一种慢性风湿性疾病，由于骨密度低导致，研究表明VTCN1与幼年特发性关节炎相关(Daha et al，2012)，可将其作为幼年特发性关节炎的预测信号(Albers et al，2014)。此外，风湿性关节炎患者的多处骨密度均低于正常组(徐胜前等，2004)，说明将其作为肢蹄结实度性状候选基因具有一定的科学性和严谨性。

本发明中发现的SNP与猪肢蹄骨密度性状的相关性达到了显著水平，可作为骨密度的遗传标记，为家猪肢蹄结实度性状的研究提供了新的遗传资源。

发明内容

本发明的目的在于客服现有技术的缺陷，提供一种与母猪肢蹄骨密度相关的VTCN1基因的SNP遗传标记，以完善家猪抗病育种的遗传标记。本发明利用美国GeneSeekPorcine 50K SNP芯片对SNP进行分型，并使用全基因组关联分析(Genome-WideAssociation Study，简称GWAS)筛选与母猪肢蹄相关的SNP，为猪的抗病育种提供了新的遗传标记资源和应用。

本发明的技术方案如下所述：