[发明专利]与母猪肢蹄骨密度相关的FAM131C基因的SNP分子标记

说明书

本发明属于动物分子标记筛选领域，具体涉及与与母猪肢蹄骨密度相关的FAM131C基因的SNP分子标记。通过基因分型技术并参阅Ensembl数据库，得到登录号为ASGA0099279基因上下游100bp序列的FAM131C基因片段，序列如SEQ ID NO:1所示。利用基因芯片技术对FAM131C基因进行分型，筛选到与母猪肢蹄骨密度相关的标记，其序列如SEQ ID NO：1所示，上述序列的第101位碱基处的R是C或T，导致核苷酸序列的多态性。可作为检测与猪骨密度相关的分子标记，当SEQ ID NO：1上的第101位核苷酸为C时，则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。本发明为猪骨密度的标记辅助选择提供了新的SNP标记。

技术领域

本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与母猪肢蹄骨密度相关的FAM131C基因的SNP分子标记。本发明的分子标记可用于猪肢蹄骨密度性状的检测。

背景技术

我国是猪肉消费大国，生猪产业是我国国民经济的重要组成部分，为了提高我国的生猪生产水平，满足国内日益增长的对瘦肉的需求，每年从国外引进大量的杜洛克、长白、大白等瘦肉型种猪。在我国的集约化饲养环境下，这些猪往往容易发生肢蹄病，跛行甚至瘫痪，造成种猪的提前淘汰。母猪患肢蹄病会延迟发情或影响发情症状表现，延长空怀时间，分娩母猪患肢蹄病会导致产程延长、产仔无力、提高难产率、产后无乳等(刘瑞玲，2011)，肢蹄病成为制约我国生猪生产的一大障碍，肢蹄病的发病率高，据明尼苏达大学的一项研究表明，184头母猪中仅有3.8％的个体不存在任何肢蹄损伤(李宇晓等，2009)，肢蹄病是母猪被淘汰的第二大原因(刘永祥等，2011)，前两胎母猪因肢蹄病淘汰的比例高达27％(Lahrmann等，2003)。国内规模化猪场肢蹄病发生率约为5％-35％(于永军，2015)，发病猪群母猪死亡率可能超过5％(张佳译，2010)，由于母猪肢蹄病导致的母猪提前淘汰或死亡，给猪场带来巨大的经济损失。

骨密度，是指单位体积骨矿物密度的大小，可以反映骨的柔韧度，单位为g/cm3，目前主要有定量CT(Q-CT)、X-双能射线和超声波技术测定方法(Scholz等，2015)。骨密度是人类骨质疏松症的主要诊断指标，占70-80％的参考比例(王洪复等，2003)，同时骨关节炎(OA)、类风湿性关节炎(RA)也表现为骨密度低于正常组(赵鉴非，2003)。猪肢蹄结实度一般用肢蹄评分、步态评分、腿型评分、骨矿物含量和骨矿物密度、软骨病评分、关节面软骨评分以及肱二头肌长度等来度量(侯丽娟等，2013)，相比之下，骨密度是有通过仪器测量所得，且可活体无损测量，较其他评定依据更科学、客观。再者，骨密度受基因调控，据报道SMAD3基因中的内含子变体在骨重塑和软骨中发挥作用，是骨关节炎和骨密度的生物学相关性的基因(Hackinger等，2017)。在种猪选育过程中，如果能将骨密度作为一个育种指标，选育高产且骨密度高的种猪，提高种猪生产效率的同时增加其肢蹄结实度，就可以增加优良种猪使用年限、降低因肢蹄病造成的大量母猪淘汰，对降低母猪的淘汰率、降低母猪生产成本具有重要意义。

本发明中发现的SNP与猪肢蹄骨密度性状的相关性达到了显著水平，为家猪肢蹄结实度性状的研究提供了新的遗传资源。

发明内容

本发明的目的在于完善家猪抗病育种分子标记，利用GeneSeek Porcine 50K SNP芯片对SNP进行分型，并使用全基因组关联分析(简称GWAS)筛选与母猪肢蹄相关的SNP标记，为猪的抗病育种提供新的分子标记资源。

本发明的技术方案如下所述：

申请人通过基因分型技术并参阅Ensembl数据库，得到包括登录号为ASGA0099279基因上下游100bp的核苷酸序列的FAM131C基因片段，其序核苷酸列如SEQ ID NO:1所示。具体为：