[发明专利]DNA重排区域及相应RNA产物检测方法、设备以及存储介质

说明书

本发明提供了一种DNA重排区域及相应RNA产物检测方法、设备以及存储介质，其中的DNA重排区域检测方法，包括以下步骤：接收待测样本的比对信息；获取聚类得到多个小簇；按成对的两个映射对应的两个小簇相同的关系分别进行合并得到各个大簇判断各个大簇是否满足预定对数；分别判断各个对数满足预定对数的大簇是否满足预定比对特异性条件；分别对满足比对特异性条件的大簇中按对应的小簇相同的所有映射为一组分别对每组进行预定过滤；判定两个组被预定过滤后都留下的大簇中的所有映射对应的区域为待测样本的一个实际的DNA重排区域在该参考基因组上的映射区域，相应的大簇为支持该DNA重排区域的支持大簇。

技术领域

本发明属于生物信息领域，具体涉及一种用于检测DNA重排区域的DNA重排区域检测方法和相应的设备以及存储介质，还涉及针对上述确定的DNA重排区域的相应RNA产物进行的RNA检测方法和相应的设备以及存储介质。

背景技术

二代测序技术(WGS或目标基因探针捕获)检测DNA水平的变异，是临床肿瘤治疗的靶向用药设计和寻找的最常用技术方式。DNA水平的变异形式主要有单碱基突变(singlenucleotide polymorphism，简称SNP)，插入缺失(insertion and deletion，简称Indel)、重排(rearrangement，由于发生在DNA水平，我们称DNA重排)和拷贝数变异(copy numbervariation，简称CNV)四大类型，重排对基因功能的影响相对其它DNA变异形式更大。

其中，上述的DNA重排，指通过DNA片段在基因组中位置的变化,即从一个位置变换到另一个位置,从而改变基因的活性或表达量，是基因活性调节的一种方式，而DNA重排转录会形成融合基因(fusion gene)或基因截断(gene truncation)，是癌症发生和发展的重要机制之一。因此，检测DNA重排和功能影响预测对于肿瘤治疗的靶向用药设计和寻找，具有非常重要的意义，是必要的一个环节。

DNA重排在染色体水平的别称又叫染色体结构变异(structure variation，简称SV)，其包括的类型(简称染色体重排类型)包含大片段重复，缺失，染色体内易位，染色体间易位，倒位这5种形式。

而DNA重排在基因水平的重排，包括的类型(用基因重排类型表示)大致有3类：1)基因间重排：如ALK,RET,ROS1，BRAF等靶向基因与其它基因的DNA重排；2)基因内重排：Oncogene如EGFR，MET，激酶主结构域duplication的基因内部重排而造成的异常激活；3)基因与基因间区重排：Tumor suppressor gene的基因内部与基因间区(intergenic区域)重排而造成的truncation截断异常失活。从上可以看出，基因重排类型对临床上肿瘤靶向用药指导直接相关。

目前国内外，基于转录本检测融合基因有了多种方法软件：FusionSeq、TopHat-Fusion、deFuse、FusionHunter、FusionMap，SoapFus(CN201180076185.9)等等(第一者)；检测染色体结构变异也有相关方法(如CN201380004734.0)公开(第二者)；国外FMI也就指定一些基因或新发现的fusion gene检测进行专利申请保护(第三者)。

但是，因为第一者的检测对象是RNA，第二者检测水平是染色体水平，只能得到断点范围，需要进一步实验来确认断点；而第三者是通过某些指定基因的DNA检测，预测fusion gene机制。三者均未对DNA进行基因水平的全面直接可视化的重排分析，对于临床肿瘤治疗的靶向用药设计和寻找所需的基因重排类型的变异检测的通用需求并不适用。

发明内容

本发明提供一种用于检测DNA重排区域的DNA重排区域检测方法和相应的设备以及存储介质，还涉及针对上述确定的DNA重排区域的相应RNA产物进行的RNA检测方法和相应的设备以及存储介质。

为了实现上述目的，本发明采用了如下技术方案：