[发明专利]利用高通量测序数据检测肿瘤突变负荷的方法及装置在审
| 申请号： | 201810525431.8 | 申请日： | 2018-05-28 |
| 公开（公告）号： | CN108588194A | 公开（公告）日： | 2018-09-28 |
| 发明（设计）人： | 单光宇;赵琳;李雷;臧晚春;成岗 | 申请（专利权）人： | 北京诺禾致源科技股份有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;C12M1/34 |
| 代理公司： | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人： | 韩建伟;金田蕴 |
| 地址： | 102200 北京市昌平区*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 突变 高通量测序 过滤 数据检测 肿瘤 比对 检出 捕获 检测 预处理 肿瘤相关基因 数据库注释 比对软件 变异检测 变异使用 待测样本 目标区域 驱动基因 同义突变 序列比对 序列信息 序列形成 原理使用 提取DNA 高通量 基因组 体细胞 重复区 截断 测序 探针 去除 排序 样本 参考 应用 | ||
1.一种利用高通量测序数据检测肿瘤突变负荷的方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1，待测样本预处理并提取DNA；
S2，根据目标区域捕获原理使用探针捕获肿瘤相关基因；
S3，通过高通量的方法进行测序，得序列信息；
S4，过滤掉低质量的序列，利用检出流程进行检测，所述检出流程包括：
S41，利用比对软件将高通量测序序列比对到参考基因组上，未比对上的序列形成软截断，根据比对的位置进行排序，并建立index；
S42，对比对上的序列进行变异检测，对检测到的变异使用RMSK数据库注释，去除注释上的重复区，以及对驱动基因和同义突变进行过滤，计算过滤后体细胞突变数目，确定样本肿瘤突变负荷。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S41中采用的比对软件为BWA-mem比对软件。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S41中采用samtools软件建立index。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S42中使用VarScan软件对比对上的序列进行变异检测。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述S42中变异检测包括计算体细胞突变中发生单核苷酸位点突变及插入缺失突变的数量。
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述驱动基因包括：EGFR、BRAF、PIK3CA、NF1、KRAS、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3和NOTCH4。
7.一种利用高通量测序数据检测肿瘤突变负荷的装置，其特征在于，包括：
DNA提取单元，用于待测样本预处理并提取DNA；
目标区域捕获单元，用于根据目标区域捕获原理使用探针捕获肿瘤相关基因；
高通量测序单元，用于通过高通量的方法进行测序，得序列信息；
检出单元，用于过滤掉低质量的序列，利用检出流程模块进行检测，所述检出流程模块包括：
比对子模块，用于利用比对软件将高通量测序序列比对到参考基因组上，未比对上的序列形成软截断，根据比对的位置进行排序，并建立index；
突变负荷确定子模块，用于对比对上的序列进行变异检测，对检测到的变异使用RMSK数据库注释，去除注释上的重复区，以及对驱动基因和同义突变进行过滤，计算过滤后体细胞突变数目，确定样本肿瘤突变负荷。
8.根据权利要求7所述的装置，其特征在于，所述比对子模块中采用的比对软件为BWA-mem比对软件。
9.根据权利要求7所述的装置，其特征在于，所述比对子模块中采用samtools软件建立index。
10.根据权利要求7所述的装置，其特征在于，所述突变负荷确定子模块中使用VarScan软件对比对上的序列进行变异检测。
11.根据权利要求10所述的装置，其特征在于，所述突变负荷确定子模块中变异检测包括计算体细胞突变中发生单核苷酸位点突变及插入缺失突变的数量。
12.根据权利要求7所述的装置，其特征在于，所述驱动基因包括：EGFR、BRAF、PIK3CA、NF1、KRAS、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3和NOTCH4。
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