[发明专利]辣椒熟性SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了辣椒熟性SNP分子标记及其应用，所述辣椒熟性SNP分子标记含有如SEQ ID NO.1所示的序列。本发明利用BSR‑Seq(Bulked Segregant RNA‑Seq)技术，快速鉴定控制始花节位的染色体位点，针对该位点特定SNP开发辣椒熟性分子标记。利用本发明提供的分子标记及其扩增引物，结合特定的限制性内切酶处理，可在子叶期快速、准确筛选出特早熟辣椒，实现辣椒熟性育种的分子标记辅助选择，提高育种选择效率，在辣椒熟性育种中具有重要应用价值。

技术领域

本发明涉及分子生物学及植物分子育种领域，具体地说，涉及辣椒熟性SNP分子标记及其应用。

背景技术

辣椒(Capsicum spp.)是茄科重要经济作物，在世界各地广泛种植，辣椒是我国主要蔬菜作物之一。辣椒植株为合轴分枝结构，主茎生长到一定时候停止生长，其顶端分生组织转化为花序分生组织，花序分生组织在适宜的内在条件和外在环境(如日照长度和温度)下发育为单生花，开花标志着主茎生长的终止，由侧生分生组织生长发育为新枝，不久新枝又停止生长，继续由新枝顶端的侧生分生组织代替顶端分生组织生长，不断重复形成合轴分枝。

辣椒第一朵花的着生节位称为始花节位，一般以主茎上从子叶到第一朵花之间的真叶(节位)数来度量。始花节位是辣椒的重要熟性性状，是辣椒品种改良的主要目标之一。始花节位低的辣椒品种往往开花坐果早，在春茬种植中能提早上市，适度规避雨水和病虫害，降低农药使用量，提高种植经济效益；在秋茬种植中可规避后期低温环境，减少设施栽培能耗。始花节位高的辣椒品种开花坐果晚，能避开上市旺季，满足市场多样化需求。

基于始花节位开发辣椒熟性分子标记能进行超早期选择，加快育种进程，对辣椒熟性育种具有重要指导作用。自然变异中辣椒始花节位受少数主效基因和部分微效基因控制，同时也受温度和光照等环境影响，为数量性状，传统的表型选择精准性不高。目前已有的辣椒始花节位分子标记多与目标基因遗传距离较远，或在使用上局限性较大。

发明内容

为解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种辣椒熟性分子标记及其应用。

本发明提供一种辣椒熟性分子标记，其含有位于辣椒CM334基因组(v1.55)第2号染色体142,998,685处的多态性为T/C的核苷酸序列或含有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述核苷酸序列的第457位多态性为T/C。

本发明利用BSR-seq技术发现辣椒早熟植株中一个AP2家族转录调控因子的起始密码子发生突变，该特定的SNP位点的碱基由T突变为碱基C。所述特定SNP位点位于已测序辣椒CM334基因组(v1.55)第2号染色体142,998,685处，即如SEQ ID NO.1所示序列的第457位，该位点碱基为CC的纯合基因型对应辣椒早熟性状，为碱基TT的纯合基因型或CT杂合基因型对应辣椒晚熟性状。根据该SNP位点开发所述辣椒熟性分子标记。

所述辣椒熟性分子标记可以由如下引物扩增得到：

SEQ ID NO.2：TAAAAGTGGCCTAGTCCATGTCTG

SEQ ID NO.3：GCCATATCTATAGGCTTAGCCAATC

进一步地，本发明提供所述辣椒熟性分子标记的扩增引物。

优选地，其具有如下核苷酸序列：

SEQ ID NO.2：TAAAAGTGGCCTAGTCCATGTCTG

SEQ ID NO.3：GCCATATCTATAGGCTTAGCCAATC

利用本发明提供的分子标记，可以实现辣椒熟性的快速准确鉴定。

因此，本发明还提供了所述的辣椒熟性分子标记或其引物在鉴定辣椒熟性性状中的应用。