[发明专利]扬子鳄微卫星多态位点、鉴定方法及特异引物序列

说明书

本发明提供了一种扬子鳄微卫星多态位点、鉴定方法及特异引物序列，及在此基础上筛选出的13对特异引物序列，其序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.26所示。鉴定扬子鳄微卫星多态位点的方法利用扬子鳄基因组筛选出微卫星位点及高质量引物；将扬子鳄基因组测序read数据比对到扬子鳄参考基因组鉴定INDEL，根据INDEL鉴定结果和微卫星筛选结果，筛选出具有多态性的微卫星位点。本发明所提供的13对微卫星引物，均为多态性位点，具有较强的分辨能力。利用这套微卫星引物，可经济、快速、正确地用于扬子鳄的亲子鉴定，有助于对扬子鳄种群进行家族谱系重建和信息完善，从而制定科学的管理方案指导扬子鳄的后期保护工作。

技术领域

本发明属于扬子鳄微卫星多态位点鉴定领域，具体涉及扬子鳄微卫星多态位点、鉴定方法及特异引物序列。

背景技术

扬子鳄，俗称土龙、猪婆龙，1996年被世界自然保护联盟(IUCN)红色名录列为极危，是中国特有的珍稀爬行动物。扬子鳄曾广泛分布于全国各地，随着时间的推移，扬子鳄分布北界逐渐南移，时至19世纪中叶，扬子鳄主要分布于长江中下游流域。接下来的一百年，是扬子鳄种群的急速衰退期。20世纪初的一项调查显示，野生扬子鳄已不足130条，主要集中在保护区中。

为了保护扬子鳄，使其免遭灭绝，中国政府迅速制定并实施了多项保护措施，先后在浙江长兴和安徽宣城建立了扬子鳄保护、研究中心。经过数十年的努力，扬子鳄野生种群数量基本得以稳定，活动范围亦有扩大的迹象。安徽圈养种群数量已逾万条，且每年快速增加，长兴种群数量相对较少但也超过5000条，这为野外放归工作的开展储备了充足的资源。

尽管如此，扬子鳄保护工作依旧面临着诸如野生扬子鳄数目较少、栖息地片段化、圈养种群缺乏完整谱系、遗传多样性丧失等难题。长兴扬子鳄保护区在建立之初仅有11条扬子鳄奠基者，虽然在当地居民和科研工作人员的不懈努力下，保护区扬子鳄数量逐渐增减，初级保护工作卓见成效，但是由于鳄类具有多重交配机制，保护区内存在子代与亲本间的亲缘关系复杂的问题。为了更好地保护扬子鳄的遗传多样性，揭示种群内个体间的亲缘关系，需要对保护区参与繁殖的亲本及子代个体进行家族谱系的重建。科学有效的指导和管理扬子鳄的繁育工作，对该种群起到更好的保护作用。