[发明专利]一种定义功能子通路扰动程度的方法在审
| 申请号： | 201810588800.8 | 申请日： | 2018-06-08 |
| 公开（公告）号： | CN109063415A | 公开（公告）日： | 2018-12-21 |
| 发明（设计）人： | 刘文斌;鮑振申;昝乡镇;沈良忠 | 申请（专利权）人： | 温州大学 |
| 主分类号： | G06F19/20 | 分类号： | G06F19/20;G06F19/28 |
| 代理公司： | 温州名创知识产权代理有限公司 33258 | 代理人： | 陈加利 |
| 地址： | 325000 浙江省温州市瓯海*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 子通路 扰动 差异基因 定义功能 上游信号 生物功能 信号通路 显著性 构建 映射 量化 基因 传递 疾病 检验 研究 | ||
【权利要求书】：
1.一种定义功能子通路扰动程度的方法，其特征在于：所述功能子通路是指信号通路中能够将上游信号传递到一个具体的生物功能节点的所有基因构成的路径；
该定义功能子通路扰动程度的方法包括如下步骤：
①构建所述功能子通路；
②确定相关的差异基因；
③将所述差异基因映射到每个功能子通路，并利用超几何检验确定差异基因的显著性p值；
④计算每个功能子通路的扰动程度，扰动程度PT＝-log10p；
⑤计算对于所述功能子通路的特定功能f而言所述功能子通路的扰动程度，该扰动程度其中k是指与功能f对应的子通路的数量。
2.根据权利要求1所述的一种定义功能子通路扰动程度的方法，其特征在于：步骤①中所述构建功能子通路的方法，包括有根据KEGG数据库构建功能子通路，在所述KEGG数据库中，一个功能至少对应一个子通路。
3.根据权利要求1所述的一种定义功能子通路扰动程度的方法，其特征在于：步骤③中确定相关的差异基因的方法包括有根据Limma包确定差异基因。
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