[发明专利]FFPE样本中核酸的自动化提取方法

说明书

本发明公开了FFPE样本中核酸的自动化提取方法。FFPE DNA或RNA单提时，磁珠可通过磁性分离装置将细胞组织限制在一定的空间范围中，可有效的避免组织随着脱蜡剂或其他溶液一起被吸走的情况，进而对FFPE DNA或RNA提取；FFPE DNA和RNA共提时，组织随磁珠经过脱蜡复水后，加入裂解液RTL，使RNA释放于溶液中。将离心管放上磁性分离装置，用移液装置将含有RNA的消化裂解液转移至新的离心管中，续而进行RNA的提取；而原离心管内吸附着细胞组织的磁珠则继续加裂解液DTL，使DNA释放于溶液中，进而进行DNA的提取。

技术领域

本发明涉及FFPE样本中核酸的自动化提取方法。

背景技术

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE)方法广泛应用于生物组织样本的保存，世界上绝大多数的组织样本是使用FFPE方法处理的。随着分子诊断技术的不断发展，越来越多的分子生物研究和临床诊断有赖于使用FFPE样本作为材料来源。使用FFPE样本提取出样本DNA、RNA，再应用于PCR、NGS等基于核酸分析的下游应用。

但要想从FFPE样本中提取出其中的核酸，相当有难度。因为在FFPE样本的制备过程中，组织已经完全脱去水分包埋于石蜡固体中；而核酸提取必须是在溶液的环境中，各种类型的酶和化合物才能发挥作用。因此一般而言，要想从FFPE样本中提取核酸，必须先进行脱蜡，恢复组织细胞中的结合水，为核酸提取创造基础。

传统的FFPE核酸抽提方法主要是通过二甲苯或二甲苯替代剂进行脱蜡，乙醇溶液进行组织复水，蛋白酶进行组织消化解交联，最后用硅胶模过柱或磁珠法进行核酸的提取。

FFPE磁珠法Applied Biosystems^TM MagMAX^TM FFPE DNA/RNA Ultra试剂盒可以从FFPE 样本中进行核酸分离。可从同一样本中顺序抽提DNA和RNA，实现各种样本分析。但是此方法离不开离心机辅助。且个别步骤需要手动操作，不能实现全自动。

发明内容

本发明的主要目的，在于提供一种从FFPE样本中提取核酸的方法。

本发明解决其技术问题的所采用的技术方案是：

技术方案一：

从FFPE中提取核酸的方法，所述的提取核酸为单独提取FFPE中的DNA，或单独提取FFPE中的RNA，首先在FFPE样本中加入脱蜡剂，样品脱蜡之后加入磁珠，使磁珠与脱蜡剂中的细胞组织充分接触，再通过磁性分离装置将细胞组织限制在一定的空间范围中，再移除脱蜡剂，避免组织随着脱蜡剂或其他溶液一起被吸走，进而对FFPE DNA或 RNA提取。

技术方案二：

从FFPE中提取核酸的方法，所述的提取核酸为同时提取FFPE中的DNA和RNA，首先在FFPE样本中加入脱蜡剂，样品脱蜡之后往离心管中加入磁珠、蛋白酶K及裂解液RTL，通过控制温度和时间，使细胞膜破裂而核膜、细胞骨架等结构保持完整，使RNA 释放于溶液中；将离心管放上磁性分离装置，用移液装置将含有RNA的消化裂解液转移至新的离心管中，进而进行RNA的提取；而原离心管内吸附着细胞组织的磁珠则继续加入蛋白酶K及裂解液DTL，通过控制温度和时间，使DNA释放于溶液中，进而进行DNA 的提取。

在本发明中，所述的磁性分离装置为利用磁场转移或集中磁珠的装置，具体种类包括磁力架或磁力棒。

本发明通过二甲苯或二甲苯替代剂等脱蜡后，添加磁珠，使细胞组织附着在磁珠表面，在磁性分离装置磁场的作用下，吸附着细胞组织的磁珠将携带着其表面的细胞组织定向移动，实现细胞组织与溶液的分离，进而对细胞组织进行裂解、结合、洗涤及洗脱操作，从而可以实现对核酸的高通量、自动化提取便于自动化。

本发明技术方案相比于传统的磁珠法具有以下优势：