[发明专利]一种与黄瓜果实长度性状相关的SSR标记及其应用

说明书

本发明提供了与黄瓜果实长度性状相关的SSR标记及其应用，属于植物分子育种领域。首次公开了与黄瓜果实长度基因紧密连锁的分子标记SSR05572，该标记正反向引物序列分别为：5′GCAAACCATAAGTTTCCCCA 3′和5′GATCGATATTGCAACGAATTACA3′。在长瓜品种黄瓜与短瓜品种黄瓜构建的BC4‑S2中，引物SSR05572F/SSR05572R在长瓜株系中均能扩增出204bp产物，在短瓜株系中均能扩增出191bp产物，在杂合株系中能扩增出同时含有204bp和191bp两条带的产物，与果实长度基因紧密连锁。本发明公开的与黄瓜果实长度基因紧密连锁分子标记，可用于黄瓜果实长度基因定位或分子标记辅助育种。对于加快黄瓜品种的遗传改良进程，提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。

技术领域

本发明涉及基因工程和分子生物学，属于分子遗传育种领域，提供了与黄瓜果实长度相关的SSR标记及其应用，可用于黄瓜果实长度性状的分子标记辅助选择育种，以提高育种效率。

技术背景

黄瓜(Cucumis sativus L.2n＝2x＝14)属葫芦科甜瓜属一年生蔓生草本植物，是世界上十大蔬菜作物之一。我国黄瓜种植面积和总产量居世界第一，但我国黄瓜的单位面积产量和出口量却低于许多国家，造成这种反差的关键性原因之一是多元化、高品质的黄瓜品种，特别是适合保护地栽培的黄瓜品种相对缺乏。分子辅助选择可以缩短育种周期，提高育种效率，利用数量性状的选择较表型选择更加有效。加速我国黄瓜的分子标记技术和QTL定位研究，为黄瓜分子辅助育种奠定基础是我国黄瓜育种工作者的当务之急。

果实长度是与作物经济效益密切相关的复杂QTL性状，是受到人为选择压力最大的性状之一。瓜类作物以果实为产品器官，从野生到栽培的进化过程中，其果实长度发生了巨大的变化(黄瓜从5cm到30cm)。黄瓜果实长度是其重要的外观品质性状，由于消费习惯和用途的不同，各地对黄瓜长度的要求不一，因此，研究控制果实长度的基因，可以为黄瓜品质育种提供理论依据。前人对黄瓜果实长度进行了一些研究(KennardHavey，1995；Serquen et al，1997；Fazio et al，2003；Yuanet al，2007)，这些报道中检测到的瓜长QTL在4～6个之间，但由于所用试验材料不同，造成QTL个数和位置也不同，同时缺少相同的锚定标记，也没有实现果实长度相关基因的精细定位。

随着新一代测序技术的发展，对构建的果实长度差异较大的群体材料及亲本进行高通量简化基因组测序，开发大量SNP标记，构建了第一张黄瓜高密度SNP遗传图谱，结合不同年份、不同季节统计的果实长度表型性状，对黄瓜果实长度进行了多次QTL定位，将控制果实长度的QTL位点fl3.2定位到了三号染色体上8Mb左右的区间上，通过在该区间内开发SSR标记以及构建BC₄-S₂群体结合反复调查研究，最终获到了与黄瓜果实长度相关性状紧密相关的SSR标记。

发明内容

(一)技术问题

本发明涉及一个与黄瓜果实长度基因共分离的分子标记，目的是为后续的果实长度基因的克隆与功能研究，以及果实长度新材料的创制提供基础，加快黄瓜优良品种选育和基因功能组学的研究进程。

(二)技术方案

本发明提供的一种与黄瓜果实长度基因紧密连锁的分子标记的特征在于：有一个SSR标记与黄瓜果实长度基因紧密连锁，所述SSR分子标记引物为下列引物对，其中的核苷酸序列为5′→3′，

SSR05572：正向引物：5′GCAAACCATAAGTTTCCCCA3′，

反向引物：5′GATCGATATTGCAACGAATTACA 3′。

上述提供的用于检测黄瓜果实长度基因的分子标记方法为：

(1)提取待测黄瓜的基因组DNA。