[发明专利]遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置

说明书

本发明实施例公开一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置，能提高遗传分离群体的遗传图谱构建的准确性以及遗传信息的利用率。方法包括：S1、通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得到所述遗传分离群体的分子标记和所述分子标记所属的分型类型，并对所述分子标记进行连锁群划分；S2、对于每一个连锁群，根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，基于排序结果构建所述遗传分离群体的遗传图谱。

技术领域

本发明实施例涉及生物化学领域，具体涉及一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置。

背景技术

随着具有高通量、低成本、测序错误率低、测序读长短特点的新一代测序技术和生物信息学的发展，高通量标记开发逐渐成为性价比最高的分子标记开发方式。全基因组重测序、GBS(Genotyping-by-Sequencing，基因分型)等简化基因组技术可在全基因组范围内进行分子标记开发和大规模分型，这些技术在不同物种的应用产生了海量标记分型数据，使得构建高密度遗传图谱成为可能，同时也对图谱构建所需的方法和软件提出了新的要求，而传统构图软件和方法在处理与测序深度相关的分型错误和分型缺失上表现乏力，尤其是CP群体，其本身多态性较高，能产生大量的分子标记，利用传统的分型构图方法很难将所有多态标记都定位到同一遗传图谱中，因此它们不得不将大部分标记进行舍弃，从而造成遗传信息的低利用率。

发明内容

有鉴于此，本发明实施例提供一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法及装置，能提高遗传分离群体的遗传图谱构建的准确性以及遗传信息的利用率。

一方面，本发明实施例提出一种遗传分离群体的遗传图谱构建方法，包括：

S1、通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得到所述遗传分离群体的分子标记和所述分子标记所属的分型类型，并对所述分子标记进行连锁群划分；

S2、对于每一个连锁群，根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，基于排序结果构建所述遗传分离群体的遗传图谱。

另一方面，本发明实施例提出一种遗传分离群体的遗传图谱构建装置，包括：

划分单元，用于通过对遗传分离群体的全基因组进行标记开发和分型，得到所述遗传分离群体的分子标记和所述分子标记所属的分型类型，并对所述分子标记进行连锁群划分；

构建单元，用于对于每一个连锁群，根据分子标记之间的重组率和所述分型类型对该连锁群内的分子标记重新分型，对重新分型得到的结果中的分型错误和缺失进行纠错，基于纠错的结果对该连锁群内的分子标记进行排序，基于排序结果构建所述遗传分离群体的遗传图谱。

第三方面，本发明实施例提供一种电子设备，包括：处理器、存储器、总线及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序；

其中，所述处理器，存储器通过所述总线完成相互间的通信；

所述处理器执行所述计算机程序时实现上述方法。

第四方面，本发明实施例提供一种非暂态计算机可读存储介质，所述存储介质上存储有计算机程序，该计算机程序被处理器执行时实现上述方法。