[发明专利]用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置

权利要求书

1.一种用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片包含捕获表1所示基因的探针，

表1

2.根据权利要求1所述的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片还包含检测拷贝数变异的SNP位点的探针，所述SNP位点为选自Cancer Gene Census基因列表的基因的SNP位点，且所述SNP位点不在表1所示基因的捕获区域内；所述SNP位点的选择条件为中国人群中突变频率在0.3-0.7区间的SNP位点，并且，平均每百万碱基选择6个SNP位点。

3.根据权利要求1所述的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片还包含检测SNP质控位点的探针，所述SNP质控位点为根据Cell Lines Project数据库设计的，中国人群中突变频率在0.4-0.6区间的位点。

4.根据权利要求3所述的基因芯片，其特征在于：所述SNP质控位点包括rs1327118、rs1402695、rs1414904、rs1131498、rs1079820、rs1805087、rs1032807、rs1801262、rs1515002、rs1392265、rs11096957、rs1426003、rs1363333、rs3734440、rs156318、rs1843026、rs1368136、rs1105176、rs156697、rs12828016、rs1395936、rs1541836、rs1805034、rs1030687、rs171953、rs753381、rs1293153、rs1541290。

5.根据权利要求1-4任一项所述基因芯片的制备方法，其特征在于：包括基因芯片的捕获区域设计，所述捕获区域设计包括以下步骤，

外显子突变概率统计步骤：包括1)统计COSMIC数据库中，每个基因的每个外显子上的突变碱基数，外显子上的突变碱基数除以相应的外显子的总长度，即得到该外显子出现突变碱基的概率，标记为pa；2)统计ICGC数据库中，每个基因的每个外显子上的突变碱基数，外显子上的突变碱基数除以相应的外显子的总长度，即得到该外显子出现突变碱基的概率，标记为pb；3)分别统计中国人群食管癌基因组数据、中国人群肺癌基因组数据和中国人群胃癌基因组数据中，每个基因的每个外显子上的突变碱基数，外显子上的突变碱基数除以相应的外显子的总长度，即得到该外显子出现突变碱基的概率，标记为pc；

外显子打分和初筛步骤：包括按照公式pa×0.3+pb×0.2+pc×0.5对每个外显子进行打分；此打分的分值代表外显子对肿瘤突变负荷变化的贡献程度，去除贡献程度为0的外显子，其余外显子作为候选外显子；

外显子加权分值计算步骤：包括根据Cancer Gene Census基因列表进行加权分值计算，具体包括，所有候选外显子中，属于Cancer Gene Census基因列表的外显子权重为1，不属于Cancer Gene Census基因列表的外显子权重为0.5，所有候选外显子的分值各自乘以其权重，即获得各外显子的加权分值；

外显子筛选步骤：包括对所有候选外显子进行筛选，筛选公式为：

S＝∑(-0.5*s)+(1*x)+(1*r)

其中s为候选外显子的区域大小、x为外显子加权分值，r为所选区域肿瘤突变负荷结果与外显子的pearson相关系数；使用遗传算法对每组外显子组合进行评估，取其中得分最高的作为最终捕获区域。

6.根据权利要求5所述的制备方法，其特征在于，还包括检测拷贝数变异SNP位点设计步骤，根据设计的用于检测拷贝数变异的SNP位点制备探针；所述用于检测拷贝数变异的SNP位点为选自Cancer Gene Census基因列表的基因的SNP位点，且所述SNP位点不在表1所示基因的捕获区域内，SNP位点的具体选择条件为中国人群中突变频率在0.3-0.7区间的SNP位点，并且，平均每百万碱基选择6个SNP位点。