[发明专利]一株荧光假单胞菌及其应用

说明书

本发明公开了一株荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)G7，该菌株保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC NO：M 2018359。该菌株的粗提物对多种细菌具有抑菌能力，同时该菌株的全基因组测序结果分析揭示了编码两个新型的非核糖体依赖的多肽合成酶类型的抗生素基因合成簇，因此该菌株具有用于制备抑菌剂和抗生素的潜力。

技术领域

本发明属于微生物领域，具体涉及一株荧光假单胞菌(Pseudomonasfluorescens)及其应用。

背景技术

土壤是最复杂的生物材料，在地球上具有最大的微生物生物量和生物多样性。目前临床使用的大约三分之二天然来源的抗生素以及许多抗癌，驱虫和抗菌化合物主要由土壤栖息的放线菌产生，特别是由链霉菌属的微生物产生。由于病原体耐药性是对人类健康的主要威胁，寻找新型抗生素是一项迫切需要。

目前，天然产物是新抗生素的主要来源，新抗生素通常是由细菌生物合成基因簇(BGC)产生的次生代谢产物。已有研究报道，通过宏基因组学方法获得了近400个土壤细菌的基因组序列，从中鉴定得到＞1500个新的BGC，其中有＞320个BGC可能具有合成新型抗生素的能力。土壤中可能含有大量能够产生新型抗生素的细菌，因此从土壤中筛选出这些细菌变得重要。

发明内容

本发明要解决的问题是提供一株荧光假单胞菌，该菌株可用于制备抑菌剂或抗生素。

为解决上述问题，本发明的具体技术方案如下：

申请人首先从水田土壤中筛选出一种具有很强抑菌能力的菌株，经鉴定，该菌株为荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)；接着，对该菌株进行扩大培养和提取，发现粗提物对多种细菌具有抑菌能力，因此该菌株具有用于制备抑菌剂的潜力，同时也提示该菌株可能用于合成抗生素。

最后，申请人对该菌株进行了全基因组测序，结果分析揭示了基因组编码两个新型的非核糖体依赖的多肽合成酶类型的抗生素基因合成簇，我们分别命名它们的产物为paddyleftmide和paddyrightmide，这两个合成基因簇在生物合成基因簇数据库MiBiG(https://mibig.secondarymetabolites.org/)和公共核酸数据库GenBank(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)中均未收录，是两个新型的NRPS基因合成簇。以上结果进一步证明了该菌株具有生产抗生素的能力。

荧光假单胞菌G7能够产生新型的抗生素，未来可能会对医学上细菌的耐药性和超级细菌等起到一定的防治作用。

附图说明

图1荧光假单胞菌G7的16S rRNA基因序列进化树。

图2荧光假单胞菌G7粗提物的平板抑菌实验。

图3荧光假单胞菌G7新型抗生素生物合成基因簇及预测分子结构。

具体实施方式

下面通过具体实施例对本发明进行详细地说明。

实施例1菌株的筛选和鉴定

湖北省武穴市大金镇的两个水田采集土壤样品150g(干重98.7g)，与300mL无菌去离子水在1L的大烧杯中与土壤混合，150rpm振荡混合30min，随后改为轻微振荡50rpm振荡过夜，使得土壤中的细菌暴露到水环境中。将灭菌的1％Noble琼脂涂到灭菌的载玻片表面，然后将涂满琼脂的载玻片放到固定在烧杯里的载物架上，让玻片接触到液相层又不干扰固相层。将烧杯放置摇床28℃、30rpm振荡七天后，取出玻片，用0.9％NaCl冲洗两次，刮取琼脂并转移到干净的离心管中，加入0.5mL 0.9％NaCl溶液，振荡、离心5min，取上清100μL，逐级梯度稀释涂平板，37℃培养3-7天。随机挑取单菌落，分离纯化后做抑菌实验，发现其中的一种菌具有很强的抑菌能力。