[发明专利]一种与苏淮猪肌内脂肪含量相关的SNP标记引物对及其应用

说明书

本发明涉及一种与苏淮猪肌内脂肪含量相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记位于猪14号染色体上的SCD基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体含rs80912566核苷酸位点的分子标记，且具有C/T多态性，所述SNP标记与苏淮猪肌内脂肪含量显著相关(P<0.05)。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与苏淮猪肌内脂肪相关，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高肌内脂肪苏淮猪品系，所得的高肌内脂肪苏淮猪品系具有重要的经济效益与社会价值。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与苏淮猪肌内脂肪含量相关的SNP标记引物对及其应用。

背景技术

肌内脂肪(IMF)是影响肉质的一个重要指标。研究表明肌内脂肪含量与肉质相关的性状(延展性、多汁性、口味等)呈正相关。猪肉是人们餐桌上的主要肉类之一。数据显示，2016年中国年消费猪肉总量排名世界第一。人们对猪肉的喜爱程度可见一斑。80年代以来，为满足国内市场对猪肉消费量的需求，各地普遍推广应用杜长大杂交组合生产商品瘦肉猪，如杜洛克猪、长白猪、大白猪。但在追求高产的同时，也导致了猪肉品质的严重下降。近年来，伴随着经济增长，人们生活品质快速提升，对猪肉品质的要求也从数量转变为同时追求质量和数量，市场需求方向的转变引导着猪育种思路的改变。虽然肌内脂肪遗传力较高(0.52)，但肌内脂肪活体测定难准确性不高，常规选育困难，因此鉴别影响苏淮猪肌内脂肪的基因位点，利用分子标记辅助选育技术提升猪的肌内脂肪性状具有重要意义。

苏淮猪是由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会等单位于1998年开始培育，2011年3月25日获得国家畜禽遗传资源委员会新品种授权，证书为“(农01)新品种证字第18号”。苏淮猪是在新淮猪基础上再导入大白猪血统，通过横交、多世代选育而成，含新淮猪血统50％，大白猪血统50％。近期的一些研究发现，苏淮猪肌内脂肪变异系数较大，且肌内脂肪含量平均值为(1.99±0.04)％，而根据众多的研究结果表明，3.0％-4.0％的肌内脂肪含量是新鲜优质猪肉的一个理想范围。由此可见，对苏淮猪肉质的持续选育已迫在眉睫。

根据猪QTL数据库网站(http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)知，目前在猪除16号染色体上没有定位到影响肌内脂肪含量的QTL，其它染色体上都已定位到影响肌内脂肪的QTL，但大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10-20cM，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。

发明内容

本发明的目的在于针对猪传统肌内脂肪选育耗时费力，选育效果不佳，提供与苏淮猪肌内脂肪相关的SNP标记并将其开发为分子标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

一种开发与苏淮猪肌内脂肪性状相关的分子标记的方法，以含有国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点转化为分子标记。

所述的引物对序列为上游引物：SEQ ID NO：2，下游引物：SEQ ID NO：3。

按照上述的方法得到的分子标记。

所述的分子标记序列优选如SEQ ID NO：1所示，所述的国际猪基因组11.1版本参考序列猪14号染色体rs80912566核苷酸位点在SEQ ID NO：1中位于第288位，存在C/T多态性。