[发明专利]母牛群体HH型遗传缺陷基因的检测方法及其用途

说明书

本发明涉及一种母牛群体HH型遗传缺陷基因的检测方法，包括如下步骤：S1：获取待检测母牛群体的血液样品，采用DNA提取试剂盒，从血液样品中提取DNA样本；S2：采用设计好的KASP引物，对DNA样本进行PCR扩增；其中，KASP引物包括三条，分别为上游正常基因引物、上游突变基因引物以及下游引物，并且，上游正常基因引物及上游突变基因引物中，其5^，端分别设计有HEX荧光标签序列及FAM荧光标签序列；S3：根据扩增后的DNA样品的荧光强度，判断对应的母牛群体中的HH型基因的基因型。本发明首次建立了采用KASP分型方法检测影响奶牛繁殖力的遗传缺陷基因，该方法快速、高效、经济，可对样本进行高通量的检测。

技术领域

本发明涉及分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及一种母牛群体HH型遗传缺陷基因的检测方法及其用途。

背景技术

近年来，为了提高奶牛的生产性能，我国大量从国外引进遗传物质，促进了国内奶牛群体的遗传改良。然而，在引进遗传物质的过程中也导致了一些遗传缺陷在我国奶牛群体的传播。2016年10月28日，农业部畜牧业司发布了《中华人民共和国农业部公告第2460号》，公告中规定从境外引进种牛及冷冻精液和胚胎的，应在系谱上标识或在销售合同条款中写明种牛及冷冻精液和胚胎未携带脊椎弯曲综合征(CVM)、白细胞黏附缺陷综合征(BLAD)、短脊椎综合征(BY)等主要遗传缺陷基因。因此建立种牛缺陷基因检测平台，对保障种牛及遗传物质的质量安全，提高奶农的经济效益均具有重要意义。

2011年，VanRaden等人利用北美牛群50K Illumina SNPs基因型数据，通过软件以及系谱分析，并通过和具体繁殖性状(SCR、妊娠率、死胎率)的关联分析，在荷斯坦牛群中发现了三种导致胚胎死亡的隐性遗传缺陷单倍型(HH1、HH2和HH3)，HH1型遗传缺陷为APAF1基因突变造成，HH3型遗传缺陷为SMC2基因突变造成，当其纯合时，会导致早期流产或死胎，而杂合体携带者不会表现出任何症状，因此，有必要对杂合体携带者进行精确的检测和筛选，避免后代出现流产或死胎的现象。

KASP是竞争性等位基因特异性PCR的缩写，可在广泛的基因组DNA样品中，对SNPs和特定位点上的InDels(Insertions and Deletions，插入和缺失)进行精准的双等位基因判断，是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP进行分型。目前检测奶牛遗传缺陷基因的方法主要有PCR-PIRA、PCR-SSCP、PCR-RFLP以及焦磷酸测序，未有利用KASP技术用于检测奶牛HH型遗传缺陷基因的报导。

发明内容

为解决现有技术存在的不存，本发明提供了一种母牛群体HH型遗传缺陷基因的检测方法，包括如下步骤：

步骤S1：获取待检测母牛群体的血液样品，采用DNA提取试剂盒，从血液样品中提取DNA样本；

步骤S2：采用设计好的KASP引物，对DNA样本进行PCR扩增；

其中，KASP引物包括三条，分别为上游正常基因引物、上游突变基因引物以及下游引物，并且，上游正常基因引物及上游突变基因引物中，其5’端分别设计有HEX荧光标签序列及FAM荧光标签序列；

步骤S3：根据扩增后的DNA样品的荧光强度，判断对应的母牛群体中的HH型遗传缺陷对应的基因的基因型。

其中，所检测的HH型遗传缺陷基因包括HH1及HH3型遗传缺陷基因，其中，HH1型遗传缺陷基因由APAF1基因突变引起，HH3型遗传缺陷基因由SMC2基因突变引起。

其中，在对HH1型遗传缺陷基因进行检测时，所设计的引物如下：

上游正常基因引物：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAAACTTCAGAGGTTTAT CGGC-3’；