[发明专利]一组神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍致病基因集合及其检测引物和试剂盒

说明书

本发明提供了一组神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍致病基因集合及其检测引物和试剂盒。本发明方法是通过全基因组测序和新一代光学图谱技术相结合的策略确定的SLC16A2、KIF4A、MED15和FAM83G的突变位点以及5个结构变异基因(CT55、DTX2P1‑UPK3BP1‑PMS2P11、EBF2、FAM173B和TMTC1)。本发明获得神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍的致病基因，通过检测所述基因的突变可以用于神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍的辅助诊断。

技术领域

本发明属于生物医药和基因检测领域，涉及一组神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍的致病基因及其检测引物和试剂盒。

背景技术

神经精神发育的基础是神经系统的生长发育，而神经精神活动是神经系统对内外刺激反应的表现，包括感知、反射、动作、语言及对周围人的感情反应等。神经精神发育迟缓是小儿常见的一种发育障碍，主要临床表现为生长发育迟缓、智力发育迟滞、共济失调、手足徐动症、面部畸形、关节挛缩、认知障碍、构音障碍、癫痫发作等。

能够导致神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍的病种很多，包括艾伦-赫恩登-达德利综合征(AHDS)、脑性瘫痪(CP)、遗传性痉挛性截瘫(HSP)等，具有家族性和终生性的特点，致残和致愚率极高，危害很大。这类疾病的遗传方式主要有单基因遗传、多基因遗传以及染色体变异等，然而其病因和发病机制尚未阐明，尤其是遗传致病因素亟待更加深入的研究和探讨。

发明内容

本发明以一个类似AHDS伴发混合型CP的家系(包括一个患病哥哥和两个患病的同卵双胞胎弟弟，父母双亲表型正常)为研究对象，其主要临床症状表现为神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍，采用全基因组高通量测序(WGS)和新一代光学图谱(NGM)技术相结合的策略在全基因组范围内探究该家系的遗传致病因素，鉴定了SLC16A2的一个新的致病突变位点，以及KIF4A、MED15、FAM83G的突变位点和5个结构变异的基因(CT55、DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11、EBF2、FAM173B和TMTC1)，目前国际上还没有关于这些基因突变位点和结构变异导致神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍的报道。

本发明的第一个目的在于提供一组神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍的致病基因集合。

进一步的，本发明涉及一组神经精神发育迟缓和高级认知功能障碍的致病基因集合，包括SLC16A2、KIF4A、MED15和FAM83G的突变位点，以及5个结构变异的基因(CT55、DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11、EBF2、FAM173B和TMTC1)。

进一步的，上述技术方案中，本发明涉及的SLC16A2突变型基因的cDNA编码区序列为：SLC16A2基因序列的第5外显子区第1357位核苷酸G突变为核苷酸Cc.1357GC(p.G453R)。

进一步的，上述技术方案中，本发明涉及的KIF4A突变型基因的cDNA编码区序列为：KIF4A基因序列的第14外显子区第1472位核苷酸C突变为核苷酸T 1472CT(p.A491V)。

进一步的，上述技术方案中，本发明涉及的MED15突变型基因的cDNA编码区序列为：MED15基因序列的第6外显子区第573位插入CAG核苷酸c.573insCAG(p.191insQ)。

进一步的，上述技术方案中，本发明涉及的FAM83G突变型基因的cDNA编码区序列为：FAM83G基因序列的第6外显子区第2455位插入ACC核苷酸c.2455insACC(p.819insH)。

进一步的，上述技术方案中，本发明涉及的5个结构变异的基因为CT55、DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11、EBF2、FAM173B和TMTC1，具体信息如下表所示：