[发明专利]基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统及其方法在审
申请号: | 201810797352.2 | 申请日: | 2018-07-19 |
公开(公告)号: | CN109243532A | 公开(公告)日: | 2019-01-18 |
发明(设计)人: | 刘彬旭;余果;郭权;任一;史彩萍;曾静;石今;周玄 | 申请(专利权)人: | 上海桑格信息技术有限公司 |
主分类号: | G16B25/10 | 分类号: | G16B25/10 |
代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人: | 许亦琳;余明伟 |
地址: | 200120 上海市浦*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 转录组 真核 基础分析 交互分析 云平台 结果分析模块 任务提交模块 数据分析平台 项目管理模块 高集成化 高级分析 基础参数 项目文件 项目信息 用户请求 预设格式 原始数据 可视化 云计算 整合 封装 个性化 展示 分析 管理 | ||
1.一种基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于:包括
项目管理模块,用于对项目信息进行查看和管理;
基础分析任务提交模块,用于设置基础参数运行任务,并将结果以及原始数据按照预设格式整合封装成相应的项目文件,基础参数运行任务包括测序数据质控、转录组拼接、基因功能注释、表达量分析和基因结构分析;
交互式结果分析模块,用于根据用户请求生成分析结果,并将结果可视化展示,包括高级生物信息学分析和个性化生物信息学分析;
所述项目管理模块通过基础分析任务提交模块与交互式结果分析模块相连接。
2.根据权利要求1所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,所述项目管理模块与交互式结果分析模块相连。
3.根据权利要求1所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,所述项目文件还包括中间过程文件数据。
4.根据权利要求1所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,交互式结果分析模块至少可用于:
1)从基础分析任务提交模块形成的项目文件中获取分析结果数据,并以分析结果数据作为输入数据,根据用户请求进行交互分析获得交互分析文本。
2)将基础分析任务提交模块形成的分析结果文本或交互分析文本根据用户请求可视化展示。
5.根据权利要求1所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,所述交互式结果分析模块预设有以下一种或多种交互分析任务:基因共表达网络分析、Ipath整合分析、蛋白互作网络分析、转录因子分析。
6.根据权利要求4所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,交互式结果分析模块还可用于:
3)根据用户请求,对基础分析任务提交模块形成的分析结果数据进行再计算获得调整的分析结果数据。
7.根据权利要求6所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,所述交互式结果分析模块预设有基础分析任务中的一种或多种分析任务。
8.根据权利要求7所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,所述交互式结果分析模块预设有表达量分析任务和/或基因结构分析任务。
9.根据权利要求6所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,所述再计算以基础分析任务提交模块形成的分析结果数据或中间过程文件数据作为输入数据,基于用户在交互式结果分析模块设置的参数及分析任务请求,对已有的分析结果再计算,从而获得经调整的分析结果数据。
10.根据权利要求1-9任一权利要求所述的基于计算云平台的真核无参转录组交互分析系统,其特征在于,所述交互式结果分析模块还包括图表工具。
11.一种基于云计算平台的真核无参转录组交互分析方法,包括以下步骤:
步骤1,创建项目;
步骤2,向集群服务器上传测序数据,在项目管理模块中建立项目,在该项目管理模块中可以进行文件锁定或者将项目共享给他人操作;
步骤3,建立任务;
步骤4,在基础分析任务提交模块中,用户通过可视化界面对测序数据进行参数分析,分析之后产生项目文件;分析之前,先进行判定数据质控是否合格,若合格则进行参数分析;若不合格则直接返回报错;
步骤5,产生的项目文件传送至交互式结果分析模块中进行交互式分析,根据用户需求对项目文件进行二次分析和统计,得到直观呈现的报告。
12.根据权利要求11所述的交互分析方法,其特征在于,步骤5还包括:将基础分析任务提交模块形成的分析结果文本或交互式结果分析模块形成的交互分析文本根据用户请求可视化展示。
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