[发明专利]一种脊尾白虾EC12 SNP标记的检测方法

说明书

本发明提出用于检测脊尾白虾EC12位点SNP标记的引物。此外，本发明还提出一种脊尾白虾EC12位点SNP标记的检测方法，包括如下步骤：首先提取不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA备用；利用脊尾白虾转录组文库中的含有EC12 SNP标记的核心序列，在其序列两端设计特异性引物；然后使用该引物对脊尾白虾不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行检测；利用PCR产物进行限制性内切酶酶切反应，根据出现的条带进行分析，确定每个个体的基因型，并获得脊尾白虾的遗传多态性图谱。本发明可快捷地获得脊尾白虾的EC12遗传标记基因座位的遗传变异图谱，所得结果可直观地检测出脊尾白虾每个个体的基因型，从而区分纯合子和杂合子个体。

技术领域

本发明属于脊尾白虾DNA分子遗传标记技术，是脊尾白虾在EC12位点遗传多态性的SNP标记检测方法。

背景技术

本发明做出之前，国内外仅见脊尾白虾微卫星遗传标记的研究报道，国内朱晓宇（2010）等报道了近缘物种中国对虾微卫星标记对脊尾白虾的通用性，筛选出2个通用标记。贾舒雯等（2011，2012）采用人工合成的生物素标记(AG)15探针及磁珠富集法构建了脊尾白虾基因组微卫星富集文库，筛选出26个多态性微卫星标记；并利用其中12个微卫星标记分析了莱州湾、海州湾、象山脊尾白虾野生群体的遗传多样性。微卫星标记同样可用来揭示不同家系群体的遗传变化规律。如王日芳（2016）利用33个微卫星标记对脊尾白虾3个近交家系进行了评价，揭示了近交系的遗传特性。刘九美等（2017）利用25个微卫星标记分析了脊尾白虾回交家系的遗传变异规律。王佳佳等（2017）基于高通量测序开发了60个脊尾白虾多态性微卫星标记。关于脊尾白虾SNP标记的报道仅见李吉涛发表的利用脊尾白虾转录组文章（Molecular Biology Reports, 2015）。目前GenBank中尚未见注册的脊尾白虾SNP标记，可用于遗传连锁图谱构建和系谱识别的SNP标记的数量仍极其缺乏，国内外尚未见有脊尾白虾SNP多态性图谱的构建、特异性遗传标记等方面应用的研究报道。

发明内容

本发明其目的是提出脊尾白虾DNA分子遗传标记检测方法，主要利用建立的脊尾白虾转录组文库中含有SNP标记的核心序列，在其两端设计特异性引物进行PCR扩增，PCR产物通过限制性内切酶进行酶切反应，从而快速地检测脊尾白虾每个个体在此SNP位点的遗传变异，获得该位点的脊尾白虾多态性图谱，通过图谱直观地检测出每个个体的基因型。

首先，本发明提出用于检测脊尾白虾EC12位点SNP标记的引物，所述正向引物序列如SEQ ID NO.1所示，所述反向引物如SEQ ID NO.2所示。

此外，本发明还提出一种脊尾白虾EC12位点SNP标记的检测方法，包括如下步骤：首先提取不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA备用；利用脊尾白虾转录组文库中的含有EC12 SNP标记的核心序列，在其序列两端设计特异性引物；然后使用该引物对脊尾白虾不同地理群或脊尾白虾群内个体的基因组DNA进行PCR扩增，对PCR产物进行检测；利用PCR产物进行限制性内切酶酶切反应，根据出现的条带进行分析，确定每个个体的基因型，并获得脊尾白虾的遗传多态性图谱；所述特异性引物序列分别为：正向引物序列为SEQ IDNO.1所示，反向引物序列为SEQ ID NO.2所示。

进一步的，所述PCR扩增体系为：脊尾白虾基因组DNA 100ng；10X PCR Buffer，2.0μL；25mmol/L Mg²⁺，2μL；Taq酶，1 U ；dNTP，2μL；正反引物各2μL；加灭菌水至20μL。