[发明专利]用于绿壳蛋壳色评价的检测SLCO1B3基因启动子区DNA甲基化水平的引物及应用

说明书

本发明公开了一种用于绿壳蛋壳色评价的检测SLCO1B3基因启动子区DNA甲基化水平的引物及应用，属于生物技术领域。本发明的引物和试剂盒可对SLCO1B3基因启动子核心区域甲基化水平进行检测，覆盖了该基因启动子核心区域的所有CpG位点，包括对区域甲基化进行统计和所在区域的单个位点进行统计分析，提高了甲基化检测的准确性。本发明的引物和试剂盒还可以对不同周龄的鸡蛋壳腺样本进行SLCO1B3基因启动子核心区域所有CpG位点的甲基化水平进行检测，为SLCO1B3基因启动子甲基化检测提供了一个分子检测方法，可用于鸡蛋壳颜色变化的评价。

技术领域

本发明涉及一种用于绿壳蛋壳色评价的检测SLCO1B3基因启动子区DNA甲基化水平的引物及应用，属于生物技术领域。

背景技术

蛋壳颜色是禽蛋在长期的进化过程中形成的一种保护色，市场上较为常见的蛋壳颜色为白壳、粉壳、褐壳和绿壳。蛋品质特性的重要评定指标之一即是蛋壳颜色，尽管蛋壳的颜色以及光泽度与蛋自身的营养没有直接的联系，但它在一定程度上会影响鸡蛋的销售价格及销售量。消费者通过观察蛋壳的外观状况判断鸡蛋的新鲜程度和鸡群整体的健康状态。蛋壳色素的沉积和整个蛋壳的形成过程同步进行，但蛋壳色素的沉积速度在产蛋前的3～5小时明显加快，来自蛋壳腺的上皮细胞分泌形成的色素，在蛋壳形成的最后阶段主要沉积在整个蛋壳的表面。蛋壳中的色素随着鸡产蛋周龄的增加而逐渐减少，尤其在39～40周龄后色素更少。蛋壳颜色是受微效多基因控制的一种数量性状，各个基因间的效应可以进行累加互作，色素的合成、转运以及沉积的过程中均有微效多基因参与调控。

绿壳蛋鸡是国内外较为罕见的特异性群体，因其所产蛋的蛋壳颜色为绿色而闻名，绿壳蛋鸡的抗病能力和适应性均比较强。目前国内绿壳蛋鸡品种主要为河南卢氏鸡、江西东乡鸡和贵州长顺鸡等。鸡的绿壳表型性状是由一个显性的单基因(Oocyan，O)所控制的，为了准确定位O基因，研究人员对SLCO1B3(Solute carrier organic aniontransporter family member，SLCO1B3，有机阴离子转运家族成员)的基因组序列进行重测序，发现绿壳蛋鸡体内有一个逆转录病毒EAV-HP以反向的形式插入到SLCO1B3基因的启动子区的序列中，由于该序列的插入则启动了SLCO1B3基因在绿壳蛋鸡的蛋壳腺组织中的异常表达，使其具备转运胆绿素的能力，进而沉积到整个蛋壳的表面，最终导致了发生绿壳性状的因素突变。如果SLCO1B3基因的启动子区不存在EAV-HP的插入，则该基因不表达，因此所产蛋壳颜色非绿色。SLCO1B3基因能够协助胆盐类通过跨膜运输到达蛋壳腺并由蛋壳腺将胆绿素逐步分泌并沉积到整个蛋壳表面，最终使得蛋壳呈现出绿色。

DNA甲基化是表观遗传学修饰中最为常见的一种，它是在DNA甲基转移酶(DNMTs)的催化作用下以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)作为甲基供体，将活化的甲基基团选择性的转移到DNA链的胞嘧啶碱基上使之形成5-甲基胞嘧啶，这种现象主要发生在富含双核苷酸的CpG岛上。DNA的甲基化参与了基因的表达调控、基因组印记以及发育调节等众多生物学过程。通常DNA甲基化水平的高低与其相对应基因的表达程度呈现负相关的关系，甲基化的程度越高则基因的表达活性越低，甲基化的程度越低则基因的表达活性越高。DNA甲基化的分析检测方法主要分为以下三种：DNA甲基化免疫共沉淀，甲基化敏感性限制性内切酶法和重亚硫酸盐处理DNA。

现有技术中存在鉴别绿壳蛋鸡基因型的方法(申请公布号为CN102876796A的中国发明专利)，该发明专利公开了鉴别产绿壳蛋鸡及鸡绿壳蛋基因型的方法及专用片段与引物，但并未公开SLCO1B3基因启动子区的甲基化状态及其与蛋壳颜色之间的关系。

发明内容

本发明提供一种检测鸡SLCO1B3基因启动子区DNA甲基化水平的引物。

本发明还提供一种检测鸡SLCO1B3基因启动子区DNA甲基化水平的试剂盒。

同时，本发明提供一种检测鸡SLCO1B3基因启动子区DNA甲基化水平的方法。