[发明专利]鲜肉源沙门氏菌ERIC-PCR溯源方法

说明书

本发明公开了一种鲜肉源沙门氏菌ERIC‑PCR溯源方法，提取鲜肉源同一血清型沙门氏菌分离株基因组DNA作为模板，运用ERIC‑PCR技术扩增其序列，PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后获得鲜肉源沙门氏菌分离株基因组DNA的ERIC‑PCR指纹图谱；应用Gel‑Pro Analyzer 4.0对ERIC‑PCR指纹图谱进行凝胶定量分析，矩阵化后用NTSYS‑pc进行UPGMA聚类分析；然后，通过对沙门氏菌分离株的基因分型结果与其采样时间、地点的比较，追溯其污染来源。该法通过ERIC‑PCR实现快速准确地溯源，弥补了传统分型方法的不足，具有简便、分辨率高、重现性好、费用低廉的特点，可在基层推广。

技术领域

本发明属于食品安全检测技术领域，尤其涉及一种鲜肉源沙门氏菌ERIC-PCR溯源方法。

背景技术

沙门氏菌(Salmonella)是一种常见食源菌和重要的人畜共患病原菌。沙门氏菌属于肠杆菌科，是一类呈短杆状，不产芽孢，无荚膜，革兰氏阴性的兼性厌氧菌。除鸡白痢沙门氏菌(S.pullorum)和鸡伤寒沙门氏菌(S.gallinarum)外，其他血清型均有鞭毛，能运动。沙门氏菌广泛存在于自然界中，最适生长温度为37℃，对外界环境抵抗力比较强，在蛋类、畜禽肉类、乳类及其制品中可存活数周至数月。目前，世界上已经发现沙门氏菌约有67个菌群共2600多种血清型(serotypes)和变种(variants)。食用了受污染的食物是人类感染沙门氏菌的主要途经，尤其是畜禽肉类、蛋类、乳类等畜产品，人类约95％的Salmonella感染源于食物污染。沙门氏菌主要引起人和动物的胃肠炎，有时引起败血症以及肠外灶感染等多种症候群；此外，还可引起人类的食物中毒，表现腹痛、腹泻、恶心、呕吐甚至死亡等。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种简便、快速、分辨率高、重现性好且费用低廉的鲜肉源沙门氏菌ERIC-PCR溯源方法。

为解决上述技术问题，本发明采用以下技术方案：

鲜肉源沙门氏菌ERIC-PCR溯源方法，提取鲜肉源同一血清型沙门氏菌分离株基因组DNA作为模板，运用ERIC-PCR技术扩增其序列，PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后获得鲜肉源沙门氏菌分离株基因组DNA的ERIC-PCR指纹图谱；应用Gel-Pro Analyzer 4.0对ERIC-PCR指纹图谱进行凝胶定量分析，矩阵化后用NTSYS-pc进行UPGMA聚类分析；然后，通过对沙门氏菌分离株的基因分型结果与其采样时间、地点的比较，追溯其污染来源。

ERIC-PCR的引物序列为：

ERIC1引物序列：5’-ATGTAAGCTCCTGGGGATTCAC-3’，

ERIC2引物序列：5’-AAGTAAGTGACTGGGGTGAGCG-3’。

上述鲜肉源沙门氏菌ERIC-PCR溯源方法，包括以下步骤：

(1)采用热裂解法提取沙门氏菌的总DNA作为PCR扩增的模板；

(2)取步骤(1)所得模板，采用合成引物ERIC1和ERIC2进行PCR扩增，扩增产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳后进行紫外拍照，得沙门氏菌分离株基因组DNA的ERIC-PCR指纹图谱；(为减少误差，所有分离株的ERIC-PCR均在同一反应条件下完成，反应产物加样于同一块琼脂糖凝胶中进行电泳；)

(3)记录扩增产物的电泳谱带，应用Gel-Pro Analyzer 4.0软件对ERIC-PCR指纹图谱进行凝胶定量分析，获得到各条带的分子量大小，把同样分子量大小的排为同行，得到一个矩阵，按照“有条带的位置记为1，无条带的位置记为0”的方法把矩阵转换成0，1矩阵，再将其导入聚类软件NTSYS-pc进行UPGMA聚类，构建聚类树，进行聚类分析；