[发明专利]一种筛选慢性萎缩性胃炎大鼠生物标志物的装置在审
申请号: | 201810818850.0 | 申请日: | 2018-07-24 |
公开(公告)号: | CN108985007A | 公开(公告)日: | 2018-12-11 |
发明(设计)人: | 刘月涛;贾璐;薛倩倩;秦雪梅 | 申请(专利权)人: | 山西大学 |
主分类号: | G06F19/12 | 分类号: | G06F19/12;G06F19/26 |
代理公司: | 太原市科瑞达专利代理有限公司 14101 | 代理人: | 李富元 |
地址: | 030051 山*** | 国省代码: | 山西;14 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 生物标志物 慢性萎缩性胃炎 预处理 大鼠 筛选 数据处理芯片 原始数据 频谱仪 尿样 显示器 多元统计分析 输入数据处理 时间依赖性 代谢变化 代谢组学 模型分析 代谢物 核磁管 表型 尿液 频谱 装入 采集 芯片 分析 | ||
1.一种筛选慢性萎缩性胃炎大鼠生物标志物的装置,其特征在于:包括箱体、安装在箱体上的频谱仪、安装在箱体上的数据处理芯片、安装在箱体上的显示器,将经过预处理的尿样装入频谱仪的核磁管,开启频谱仪采集1D NMR数据,并将该数据作为原始数据输入数据处理芯片,数据处理芯片对原始数据首先进行预处理,采用SIMCA-P软件对预处理后的数据进行多元统计分析,通过PLS-DA分析获得时间依赖性尿液动态代谢组学特征,然后使用ASCA模型分析CAG表型、时间及其相互作用对尿样中代谢变化的影响,鉴定与之作用相关的代谢物,最后通过显示器显示出来。
2.根据权利要求1所述的一种筛选慢性萎缩性胃炎大鼠生物标志物的装置,其特征在于:尿样的预处理过程为:在500 μl的尿样中加入200 μl磷酸缓冲液,混匀后离心,取上清550 μl作为预处理的尿样,磷酸缓冲液按照质量百分比含10% D2O和0.05% TSP,pH=7.4。
3.根据权利要求1所述的一种筛选慢性萎缩性胃炎大鼠生物标志物的装置,其特征在于:频谱仪采用BrukerAV 600,对应的质子共振频率600.13MHz,采集时温度控制为298K,采用BBO探头,测样前对频谱仪进行温度校正,匀场校正。
4.根据权利要求1所述的一种筛选慢性萎缩性胃炎大鼠生物标志物的装置,其特征在于:数据处理芯片对原始数据进行预处理的过程为,通过MestReNova对所有的原始数据进行相位校正和基线校正,尿样的1D和2D NMR谱参考TSP的化学位移,以δ0.001 ppm积分分段对 1 Dδ0.50 - 9.00 ppm区域进行积分,且排除δ4.68-5.19 ppm区域以消除不完全的含水饱和度的影响,然后将生成的数据修改为MetaboAnalyst分析的'时间序列/双因子设计'模块中描述的可接受数据格式,该模块包含实验动物中多种类型的变异、时间的变化及其相互作用,数据集归一化为常量和pareto scaling预处理。
5.根据权利要求1所述的一种筛选慢性萎缩性胃炎大鼠生物标志物的装置,其特征在于:采用SIMCA-P软件对预处理后的数据进行多元统计分析,通过PLS-DA分析获得时间依赖性尿液动态代谢组学特征的具体过程为,将预处理的数据采用SIMCA-P软件进行多元统计分析,将数据引入PLS-DA分析,观察代谢差异,由于时间的推移,显现出主要的数据扰动源是由大鼠的生长所代表的,轨迹显示对照组在可控范围内移动,模型组从0周到第10周的代谢轮廓随时间而变化。
6.根据权利要求1所述的一种筛选慢性萎缩性胃炎大鼠生物标志物的装置,其特征在于:使用ASCA模型分析CAG表型、时间及其相互作用对尿样中代谢变化的影响,鉴定与之作用相关的代谢物,最后通过显示器显示出来的具体过程为,用ASCA模型将尿动态代谢组学数据分成不同的子集,描述动物实验之间的差异,时间变化以及它们之间的相互作用,通过置换方法进行显着性检验,使用显示特征值与因子之间关系的图像,与因子A、因子B及其相互作用相关的主要模式显示在基于相应子模型的PC1的得分散点图中,使用基于杠杆效率/平方预测误差图确定与特定因子相关的重要变量,显示根据表型,时间及其相互作用的因素,通过ASCA模型鉴定的代谢物有:丙氨酸、脂质、肌酸、二甲基甘氨酸、α-酮戊二酸、丙氨酸、琥珀酸,α-酮戊二酸、丙氨酸、马尿酸和尿囊素作为候选生物标志物,最后将检测到的候选生物标志物在显示器上显示出来。
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