[发明专利]一种用于计算基因的组织特异表达的鲁棒z-score打分方法有效
申请号: | 201810837091.2 | 申请日: | 2018-07-26 |
公开(公告)号: | CN109243533B | 公开(公告)日: | 2021-07-13 |
发明(设计)人: | 李淼新;蒋琳;薛超 | 申请(专利权)人: | 中山大学 |
主分类号: | G16B25/10 | 分类号: | G16B25/10 |
代理公司: | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人: | 林丽明 |
地址: | 510275 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 计算 基因 组织 特异 表达 score 打分 方法 | ||
1.一种用于计算基因的组织特异表达的鲁棒z-score打分方法,其特征在于:包括以下步骤:
S1.取某个基因或转录本在N个组织的表达值按从小到达的顺序进行排序;
S2.为每个表达值构建线性拟合模型:
y(i)=β0+β1*i+e(i) (1)
其中β0和β1是回归系数,其初始值利用最小二乘法生成,i∈[1…N]表示表达值排序的序号,y(i)表示排序后的第i个表达值,e(i)表示第i个表达值的残差;
S3.计算每个表达值的权值:
其中,w(i)是权值,k是加权阈值;
S4.根据计算得到的权值利用加权最小二乘法对β0、β1、e(i)进行更新;并令其中是前次加权的样本标准差;
S5.重复执行步骤S2~S4,直至β0和β1恒定,将β0和β1代入式(1)中,得到表达值y(i)的估计值利用y(i)求取残差,然后利用公式(2)求取权值;
S6.对w(i)进行标准化:
利用权值产生加权均值和加权标准差
S7.计算鲁棒z-score:
S8.利用鲁棒z-score计算组织特异表达值的统计显著性pi值:
其中,Φ(x)是标准正态分布的分布函数;
S9.设定一个阈值,若pi小于设定的阈值,则拒绝零假设,认为该基因或细胞型在序号为i的组织上有特异表达;如果pi大于或等于设定的阈值,则接受零假设,认为该基因或细胞型在序号为i的组织上没有特异表达。
2.根据权利要求1所述的用于计算基因的组织特异表达的鲁棒z-score打分方法,其特征在于:所述S9步骤中设定的阈值为0.05。
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