[发明专利]用于常见遗传病检测的探针、基因芯片及制备方法和应用

权利要求书

1.一种用于常见遗传病检测的探针的制备方法，所述常见遗传病包括地中海贫血、苯丙酮尿症、脊肌萎缩症、肝豆状核变性、假肥大性肌营养不良、糖原累积病II型、MUT基因相关的甲基丙二酸血症、甲基丙二酸尿症伴同型半胱氨酸尿症cblC型和眼皮肤白化病1型，其特征在于：所述制备方法包括根据各靶标基因选定各自的目标捕获区域；根据所述目标捕获区域设计捕获探针，即所述用于常见遗传病检测的探针；

所述目标捕获区域包括以下区域，

(a)alpha基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBA1、HBA2、HBZ、HBQ1、HS-40区域，和5’HVR、HVR、3’HVR，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；

(b)以已有记录的缺失型alpha地中海贫血突变断点作为目标捕获区域；

(c)以已记录的缺失型alpha突变所涉及到的最大的缺失范围为目标，在其范围内，每隔1kb选取1个SNP位点，所选的SNP位点为dbSNP中记录MAF在0.3-0.5之间的位点，同时，所选的SNP位点所在序列在基因组上无其它高度同源序列，以所选的SNP位点作为目标捕获区域；

(d)beta基因簇所有珠蛋白基因和重要调控区域，包括HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、LCRHS-1、LCR HS-2、LCR HS-3、LCR HS-4和LCR HS-5，针对以上基因全长片段并将其向外延伸70bp作为目标捕获区域；

(e)以已有记录的缺失型beta地贫突变断点作为目标捕获区域；

(f)以SMN1基因全基因组区域并向上下游延伸各30bp作为目标捕获区域；

(g)以PAH基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；同时，以PAH基因内含子区的致病突变位点向上下游各延伸50bp作为目标捕获区域；

(h)以ATP7B基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；同时，以ATP7B基因内含子区的致病突变位点向上下游各延伸50bp作为目标捕获区域；

(i)以DMD基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；

(j)以GAA基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；

(k)以MUT基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；

(l)以MMACHC基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域；

(m)以TYR基因外显子区域并向内含子区延伸30bp作为最终目标捕获区域。

2.根据权利要求1所述的制备方法，其特征在于：所述捕获探针的长度为50-120bp，捕获探针与杂交区域的变性温度为60-100℃；并且，对于杂交区域的GC含量高于0.6或低于0.3的捕获探针，乘数大于2；优选的，所述捕获探针与杂交区域的变性温度为80℃；优选的，根据所述目标捕获区域设计捕获探针时，探针选择时的窗口滑动大小为10bp。

3.根据权利要求1或2所述的制备方法获得的探针。

4.根据权利要求3所述的探针，其特征在于：所述探针包括分别特异性杂交捕获α地中海贫血蛋白编码基因、α地中海贫血调控区域、β地中海贫血蛋白编码基因、β地中海贫血调控区域、脊肌萎缩症相关的SMN1基因、苯丙酮尿症相关的PAH基因、肝豆状核变性相关的ATP7B基因、假肥大性肌营养不良相关的DMD基因、糖原累积病II型相关的GAA基因、甲基丙二酸血症相关的MUT基因、甲基丙二酸尿症伴同型半胱氨酸尿症cblC型相关的MMACHC基因和眼皮肤白化病1型相关的TYR基因的3922条核酸片段，所述3922条核酸片段依序为Seq IDNo.1至Seq ID No.3922所示序列。

5.根据权利要求3或4所述的探针在制备用于常见遗传病检测的基因芯片、试剂盒或检测设备中的应用。

6.一种用于常见遗传病检测的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片上固定有权利要求3或4所述的探针。