[发明专利]一种液相芯片技术检测微生物的方法有效
申请号: | 201810879060.3 | 申请日: | 2018-08-03 |
公开(公告)号: | CN109055608B | 公开(公告)日: | 2021-09-03 |
发明(设计)人: | 王艳;张磊萍;蒋蔚 | 申请(专利权)人: | 上海海关动植物与食品检验检疫技术中心 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/6837;C12Q1/6888;C12Q1/10;C12Q1/04;C12Q1/686 |
代理公司: | 江苏圣典律师事务所 32237 | 代理人: | 朱如兵 |
地址: | 200135 上*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 芯片 技术 检测 微生物 方法 | ||
1.一种非疾病诊断目的的液相芯片技术检测微生物的方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1,根据布鲁氏菌、沙门氏菌、狂犬病毒、弓形虫、巴氏通体和弯曲杆菌的基因序列分别设计合成对应的5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的布鲁氏菌探针、5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列的沙门氏菌探针、5’端修饰有氨基的SEQ IDNO.3所示的核苷酸序列的狂犬病毒探针、5’端修饰有氨基的SEQ IDNO.4所示的核苷酸序列的弓形虫探针、5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列的巴氏通体探针和5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列的弯曲杆菌探针;
S2,将布鲁氏菌探针、沙门氏菌探针、狂犬病毒探针、弓形虫探针、巴氏通体探针和弯曲杆菌探针分别与第一、第二、第三、第四、第五和第六荧光编码微球相连,分别获得第一、第二、第三、第四、第五和第六偶联微球的探针溶液;
S3,将布鲁氏菌、沙门氏菌、狂犬病毒、弓形虫、巴氏通体和弯曲杆菌阴性样品,经DNA抽提和PCR扩增获得阴性PCR产物,将第一、第二、第三、第四、第五和第六偶联微球的探针溶液混合形成混合偶联微球的探针溶液,然后将阴性PCR产物加入混合偶联微球的探针溶液,在Luminex仪器中读取信号,根据该信号得阈值;
S4,将待测物样品,经DNA抽提和PCR扩增获得布鲁氏菌、沙门氏菌、狂犬病毒、弓形虫、巴氏通体和弯曲杆菌的待测PCR产物,将待测PCR产物加入混合偶联微球的探针溶液,在Luminex仪器中读取信号,与阈值比较,判断待测物样品为阴性或阳性;
获得待测PCR产物具体方法包括如下步骤:
P1,在布鲁氏菌探针、沙门氏菌探针、狂犬病毒探针、弓形虫探针、巴氏通体探针和弯曲杆菌探针的上下游分别设计上下游引物,获得布鲁氏菌引物、沙门氏菌引物、狂犬病毒引物、弓形虫引物、巴氏通体引物和弯曲杆菌引物;
P2,利用布鲁氏菌引物、沙门氏菌引物、狂犬病毒引物、弓形虫引物、巴氏通体引物和弯曲杆菌引物扩增,分别获得布鲁氏菌目的基因BL、沙门氏菌目的基因SM、狂犬病毒目的基因WQ、弓形虫目的基因GX、巴氏通体目的基因BA和弯曲杆菌目的基因KQ及包含布鲁氏菌目的基因BL、沙门氏菌目的基因SM、狂犬病毒目的基因WQ、弓形虫目的基因GX、巴氏通体目的基因BA和弯曲杆菌目的基因KQ的多重PCR产物;
所述布鲁氏菌引物包括5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列的布鲁氏菌上游引物和SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列的布鲁氏菌下游引物;
所述沙门氏菌引物,包括SEQ ID NO.9所示的核苷酸序列的沙门氏菌上游引物和5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.10所示的核苷酸序列的沙门氏菌下游引物;
所述狂犬病毒引物,包括5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.11所示的核苷酸序列的狂犬病毒上游引物和SEQ ID NO.12所示的核苷酸序列的狂犬病毒下游引物;
所述弓形虫引物,包括5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.13所示的核苷酸序列的弓形虫上游引物和SEQ ID NO.14所示的核苷酸序列的弓形虫下游引物;
所述巴氏通体引物,包括5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.15所示的核苷酸序列的巴氏通体上游引物和SEQ ID NO.16所示的核苷酸序列的巴氏通体下游引物;
所述弯曲杆菌引物,包括5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.17所示的核苷酸序列的弯曲杆菌上游引物和SEQ ID NO.18所示的核苷酸序列的弯曲杆菌下游引物。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述布鲁氏菌探针、沙门氏菌探针、狂犬病毒探针、弓形虫探针、巴氏通体探针和弯曲杆菌探针的Tm值保持在56℃-58℃。
3.一种液相芯片技术检测微生物的探针和引物组,其特征在于,所述探针为:5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的布鲁氏菌探针、5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列的沙门氏菌探针、5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列的狂犬病毒探针、5’端修饰有氨基的SEQ IDNO.4所示的核苷酸序列的弓形虫探针、5’端修饰有氨基的SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列的巴氏通体探针和5’端修饰有氨基的SEQ IDNO.6所示的核苷酸序列的弯曲杆菌探针;
所述引物为:5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列的布鲁氏菌上游引物和SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列的布鲁氏菌下游引物;SEQ ID NO.9所示的核苷酸序列的沙门氏菌上游引物和5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.10所示的核苷酸序列的沙门氏菌下游引物; 5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.11所示的核苷酸序列的狂犬病毒上游引物和SEQ ID NO.12所示的核苷酸序列的狂犬病毒下游引物; 5’端修饰有生物素的SEQ IDNO.13所示的核苷酸序列的弓形虫上游引物和SEQ ID NO.14所示的核苷酸序列的弓形虫下游引物;5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.15所示的核苷酸序列的巴氏通体上游引物和SEQID NO.16所示的核苷酸序列的巴氏通体下游引物; 5’端修饰有生物素的SEQ ID NO.17所示的核苷酸序列的弯曲杆菌上游引物和SEQ ID NO.18所示的核苷酸序列的弯曲杆菌下游引物。
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