[发明专利]一种全转录组范围单碱基分辨率检测RNA内部N7-甲基鸟苷修饰的方法及试剂盒

权利要求书

1.一种全转录组范围单碱基分辨率检测RNA内部m7G修饰的方法，包括以下步骤：

1)提取样本细胞总RNA获得样本细胞全转录组RNA；

2)将所述样本细胞全转录组RNA断裂为100～300bp的片段化RNA；

3)用硼氢化钠溶液还原所述片段化RNA获得还原RNA；

4)所述还原后的30s内，用苯胺盐酸盐溶液断裂所述还原RNA，在所述断裂后的RNA两端连接测序接头；反转录连有测序接头的RNA片段后，用测序引物进行PCR扩增构建测序文库；

5)对所述测序文库进行测序获得测序数据；

6)分析所述测序数据得到RNA断点次数和测序深度的比值，所述比值大于0.5，且断点位置是G碱基位点的被确定是m7G位点；

所述分析包括将所述测序数据去除接头序列、去除低质量碱基，然后将处理后的测序数据比对到原核生物转录组序列及真核生物核糖体RNA序列，统计read1第一个碱基的比对位置信息，即硼氢化钠-苯胺处理后的RNA断点次数；统计每个位点的测序深度，并得到RNA断点次数和测序深度的比值；

步骤3)中所述硼氢化钠溶液的浓度为4.5～5.5M；

步骤2)所述片段化RNA的浓度为30～200ng/μl；

所述硼氢化钠与片段化RNA的体积比为1：(2～3)；

所述RNA包括mRNA、tRNA、rRNA和miRNA。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)中所述的断裂采用二价镁离子实现。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤4)中所述苯胺盐酸盐溶液的浓度为1.8～2.2M。

4.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，步骤4)中所述断裂的温度为58～62℃，所述断裂的时间为17～23min。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述样本细胞为病理或正常组织细胞。

6.一种全转录组范围单碱基分辨率检测RNA内部m7G修饰的试剂盒，包括使用说明书和试剂；其特征在于，所述试剂包括含二价镁离子的RNA片段化溶液，硼氢化钠溶液，苯胺盐酸盐溶液，Tris-HCl，m7G核苷，RNaseinhibitor，测序接头，Illumina测序引物。