[发明专利]基于萝卜全基因组序列开发的SSR核心引物组及其应用

说明书

本发明公开了一套基于萝卜全基因组序列开发的SSR核心引物组及其应用。本发明的SSR核心引物组包括21对引物，其核苷酸序列如SEQ No.1‑42所示。本发明所提供的SSR核心引物组在萝卜基因组中分布均匀、多态性高，扩增重复性好，带型清晰容易判读，同时适合普通变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测平台和毛细管荧光检测平台检测，可以应用于萝卜遗传多样性分析、品种鉴定、DNA指纹图谱构建等领域。

技术领域

本发明涉及萝卜SSR标记，具体地说是基于萝卜全基因组序列开发的SSR核心引物组及其应用，属于分子生物学技术领域。

背景技术

萝卜原产我国，各地均有栽培，品种极多，常见有红萝卜、青萝卜、白萝卜、水萝卜和心里美等。根供食用，为我国主要蔬菜之一。萝卜的主要成分有蛋白质、糖类、B族维生素和大量的维生素C，以及铁、钙、磷和纤维、芥子油和淀粉酶。据测定，萝卜的维生素C含量比苹果、梨等水果高近10倍。萝卜性凉，味辛、甘，具有消积滞、化痰清热、下气宽中、解毒之功效。萝卜是地道的保健食品，能促进新陈代谢、增进食欲、帮助消化，可以化积滞，用于食积胀满、痰咳失音、吐血、消喝、痢疾、头痛、排尿不利等；常吃萝卜可降低血脂、软化血管、稳定血压，可预防冠心病、动脉硬化、胆石症等疾病。

萝卜是我国一种重要的大路蔬菜，全国各地均有种植。可四季栽培，周年供应，产销量也很大。由于人民生活水平的提高，消费习惯的改变，科学技术的发达，反季节栽培也有所发展，利用高山气候的差异，日光温室和塑料大、中、小棚配套栽培。实现了萝卜超时令上市，很受广大消费者欢迎。

近年来，我国萝卜新品种培育呈现良好的发展势头，培育出大量新品种。准确、快速进行农作物品种的鉴定，对于农作物品种审定、品种保护、真假品种辨别、品种的产权纠纷等方面均有重要作用。传统的品种鉴定方法是田间种植鉴定，是将鉴定品种种植在相同的生长条件下，在生长发育的各个阶段对多个质量性状、数量性状及抗病性等做出观察记载，并进行品种比较，鉴定品种的异同。传统品种鉴定方法存在鉴定周期长、易受环境影响、测试性状多、工作量大等问题，无法适应大量品种的鉴定需求。

分子标记是以个体间核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。分子标记检测技术具有测试周期短、不受环境影响和季节限制、没有组织特异性、供选择的标记数量多、可以进行高通量测试分析等优势，已逐步用于品种鉴定、种子纯度及品种真实性检测中。利用RAPD、AFLP、RFLP标记，可以将不同生态类型的萝卜品种区别开。但是，RAPD重复性较差；AFLP操作较复杂，稳定性较差；RFLP操作过程繁琐，效率低，成本高。SSR(Simple Sequence Repeats)是以1～6个核苷酸为单位、呈串联重复的DNA序列，广泛分布于真核生物基因组中。与其他分子标记相比，SSR标记具有共显性、多态性高、重复性好、操作简单等优点，已经作为重要的DNA标记广泛应用于植物遗传多样性研究、品种鉴定、遗传图谱的构建、QTL定位、标记辅助选择及比较基因组研究等领域。与水稻、小麦等作物相比，现有的萝卜SSR标记数量少，不能满足萝卜研究的需要，大量开发覆盖全基因组的SSR标记仍是目前萝卜研究的重要工作之一。

发明内容

本发明的目的在于提供一套基于萝卜全基因组序列开发的SSR核心引物组，这些引物具有扩增稳定、电泳条带清晰、多态性丰富的优点，可有效用于萝卜遗传多样性分析、品种鉴定、DNA指纹图谱构建等研究。

本发明提供了一种基于萝卜全基因组序列开发的SSR核心引物组，其特征是，它包括21对引物，分别为：LB5-2、LB6-35、LB8-9、LB1-15、LB6-26、LB7-20、LB2-23、LB9-5、LB6-11、LB9-35、LB7-33、LB7-34、LB1-19、LB5-28、LB8-17、LB4-23、LB5-3、LB3-21、LB3-16、RS0027、RS0073，其核苷酸序列依次SEQ No.1-42所示或者表2所示。

本发明还提供了上述的SSR核心引物组在遗传多样性分析、品种鉴定、DNA指纹图谱构建方面的应用。