[发明专利]一种与罗氏沼虾体长和第二步足指节长相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了属于分子标记育种技术领域的一种与罗氏沼虾体长和第二步足指节长相关的SNP分子标记及其应用。该SNP分子标记对应于罗氏沼虾ND1基因T658C位点，此处碱基为T或C。本发明的SNP分子标记与罗氏沼虾体长和第二步足指节长相关，是一个新的分子标记，通过确定待测罗氏沼虾SNP位点的基因型从而对罗氏沼虾的体长和第二步足指节长进行早期选育，可有效节省生产成本并加快遗传进展，更好地服务于罗氏沼虾的选育，既能满足巨大的市场需求，又具有很大的经济应用价值和科研价值。

技术领域

本发明属于分子标记育种技术领域，特别涉及一种与罗氏沼虾体长和第二步足指节长相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

分子标记辅助育种(Marker Assisted Selection，MAS)是利用分子标记与决定目标性状的基因紧密连锁的特点，在动植物育种过程中筛选与重要的经济性状(如体重、生长速度、抗逆性等)相关的分子标记，并在育种过程中构建带有相关分子标记的选育群体，以达到选择目标性状的目的的一种育种方法，其具有目标性强，准确性高的特点，能够大幅度提高育种效率，缩短育种年限。

单核苷酸位点多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP) 是基因组上由单个核苷酸产生的碱基变异，其具有分布数量多、多态性丰富等特点，是继微卫星分子标记之后又一重要的分子遗传标记，被称为第三代分子遗传标记。该标记已广泛应用于动植物标记辅助育种、基因定位、遗传多样性研究等领域。

ND1基因即编码NADH脱氢酶亚基1的基因，NADH脱氢酶亚单位 1(NADHdehydrogenase subunit 1，ND1)基因是mtDNA的蛋白编码基因，包括细胞色素b、细胞色素氧化酶的3个亚基、ATP酶的2个亚基以及NADH脱氢酶的7个亚基的编码序列，负责编码的蛋白是NADH 脱氢酶的亚基Ⅰ。NADH脱氢酶是呼吸链复合体Ⅰ的主要组成，通过在呼吸链中直接参与氢与电子传递并通过氧化磷酸化产生ATP去参与能量代谢作用。因而，一定程度上影响着动物外源营养物质的获取、同化利用及转运等生命代谢活动进而对动物的性状起决定性的作用。国内外关于物种ND1基因多样性研究较多，如三尾凤蝶(Bhutanitis thaidina)、无蹼壁虎(Gekko swinhonis)、雨蛙(Hylid)等地理亲缘关系和遗传规律的探讨。当前，候灵玲发现了鸡NDl基因A4589G 突变与盲肠长度、8周龄胸深、8周龄胸骨长和8周龄胫长、腿肌长度和腿肌宽度、葡萄糖、乳酸脱氢酶、腹脂、腹脂率和皮下脂肪厚度影响分别有显著的相关性。

罗氏沼虾，又称马来西亚大虾，淡水大虾，大长臂大虾，隶属于节肢动物门、软甲纲、十足目、长臂虾科、沼虾属，是世界上最大型的热带淡水虾之一，具有生长快、食性广、耐高温、抗病力强、养殖周期短、口感鲜嫩以及营养成分丰富等特点而广受消费者青睐。原产于印度太平洋地区，生活在各种类型的淡水或咸淡水水域，后来被不少国家和地区移养繁殖，成为当地主要淡水养殖虾类。目前，罗氏沼虾在中国的养殖面积高达60多万亩，但罗氏沼虾的良种数量远不能满足其庞大的产业规模和巨大的苗种需求，因此，罗氏沼虾的早期选育显得十分迫切和意义重大。

发明内容

为克服以上现有技术中的不足或缺陷，本发明提供了一种与罗氏沼虾体长和第二步足指节长相关的SNP分子标记及其应用，可通过确定待测罗氏沼虾SNP位点的基因型从而对罗氏沼虾的体长和第二步足指节长进行早期选育，无需受罗氏沼虾的年龄、性别等限制，可有效用于罗氏沼虾的早期选育，促进罗氏沼虾的选育进程。

本发明所采取的技术方案是：

一种与罗氏沼虾体长和第二步足指节长相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于罗氏沼虾ND1基因T658C位点，此处碱基为 T或C。

所述SNP分子标记在罗氏沼虾早期选育中的应用。

一种罗氏沼虾的早期选育的方法，为根据罗氏沼虾ND1基因 T658C位点的基因型对罗氏沼虾的体长和第二步足指节长进行早期选育，包括如下步骤：