[发明专利]检测辣椒中多个抗病位点基因型的方法及其专用引物组

说明书

本发明公开了一种检测辣椒中多个抗病位点基因型的方法及其专用引物组。本发明提供的引物组合由引物组乙和引物对组成；引物组乙由14条引物组成，依次如序列1至序列14所示；引物对由2条引物组成，一条如序列15所示，另一条如序列16所示。本发明还保护引物组合的应用，为检测辣椒多个抗病位点的基因型或检测辣椒对多种病害的抗性。多种病害为辣椒烟草花叶病、辣椒疮痂病、辣椒马铃薯Y病毒病和辣椒疫病。采用本发明提供的引物组和方法，可以实现采用一个反应体系同时获得辣椒中辣椒烟草花叶病、辣椒疮痂病、辣椒马铃薯Y病毒病和辣椒疫病多个位点基因型的的结果，对于抗病材料选择和育种具有重大应用推广价值。

技术领域

本发明涉及一种检测辣椒中多个抗病位点基因型的方法及其专用引物组，具体涉及一种检测辣椒中烟草花叶病毒病、疮痂病、马铃薯Y病毒病和疫病抗病位点基因型的方法及其专用引物组。

背景技术

烟草花叶病毒(Tobamovirus，TMV)是极易在辣椒生产中造成毁灭性的病毒病。Boukema发现位于基因组同一座位上的4个复等位基因(L¹、L²、L³和L⁴)对不同类型的病毒具有抗性：L¹仅对P₀致病型病毒(例如Tomato mosaic virus,ToMV)有抗性；L²抗P₀和P₁致病型病毒(例如Paprika mild mottle virus,PaMMV)，但其抗性被P_1,2致病型病毒(例如Peppermild mottle virus,PMMoV)所克服；L³对P₀、P₁和P_1,2致病型病毒具有抗性，但被P_1,2,3致病型病毒PMMoV所克服；L⁴对P₀、P₁、P_1,2和P_1,2,3都具有抗性。

辣椒疮痂病病原菌即黄单胞杆菌。由黄单胞杆菌(Xanthomonas)引起的辣椒疮痂病是严重影响辣椒生产的一种细菌性病害。我国大部分地区存在疮痂病病原菌，并且在部分地区辣椒疮痂病危害十分严重，经过对我国不同地区的辣椒疮痂病病原小种鉴别，发现P0小种为我国优势小种。目前在辣椒上已定位并克隆了3个抗病基因(Bs1基因、Bs2基因和Bs3基因)，都编码NBS-LRR蛋白的过敏反应抗性基因。3个抗病基因具有小种特异性，其中Bs3基因对0号、1号、4号、7号和9号小种具有显性抗性。与疮痂病感病等位基因序列比对，Bs3抗性基因在启动子区域存在13个碱基的缺失。

辣椒疫病病原菌即疫霉菌。辣椒疫病是由疫霉菌Phytophthora capsici引起的一种真菌性土传病害。在病原菌适宜生长的环境下，疫霉菌可以对热带及亚热带地区辣椒造成高达100％的产量损失。辣椒材料CM334和PI 201234被证实对不同地区分离的许多疫霉菌表现出稳定的抗性。Rehrig等(2014)以抗疫病材料CM334为抗源，构建了三个不同的遗传定位群体，结果在5号染色体定位到两个SNP标记CA_011264和CA_004482与疫病抗性有很强的相关性(R²＝42-49.4％)，并且这两个标记的基因型在CM334和包括PI 201234在内的其他抗疫病材料中是保守的，推测SNP标记CA_011264所在的高丝氨酸激酶基因(CaDMR1基因)为疫病主效QTL的候选基因。Liu等(2014)利用一个低毒性的疫霉菌为接种病原物，发现5号染色体一个编码NBS-LRR基因上的标记Phyto5NBS1与抗性表型有90％的一致性。

在我国，马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)对辣椒的危害仅次于烟草花叶病毒(TMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)。辣椒材料PI 159234对马铃薯Y病毒的抗性由单隐性基因pvr1控制，该基因已被克隆，其编码的eIF4E真核生物翻译起始因子能够与PVY的病毒编码的VPg蛋白相互作用，抑制病毒翻译起始、复制和移动。

发明内容