[发明专利]曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记及应用

说明书

本发明公开了曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记及应用，曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记筛选包括提取基因组DNA、RAD文库构建与高通量测序、原始序列数据过滤、SNP信息位点检测与筛选；在提取基因组DNA过程中加入环状DNA和甲壳质，能有效提高SNP标记筛选准确度和获取效率；用该方法获得的曼氏无针乌贼生长速度相关SNP标记，可用于进行生长速度快的曼氏无针乌贼品种的选育，从而加快曼氏无针乌贼的育种进程。有益效果：本发明获取曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记位点的方法具有高通量、低成本，SNP标记筛选准确度高、获取效率高等优点。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，尤其是涉及曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记及应用。

技术背景

曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni de Rochebrune)俗称墨鱼，隶属软体动物门，头足纲、乌贼目、乌贼科，无针乌贼属，是我国沿海广温广布品种。作为一种重要的经济头足类，长期以来深受人们喜爱。曼氏无针乌贼曾是我国“四大海产”之一，进入20世纪70年代末以来，春汛在产卵场外围捕捞怀卵亲体、夏汛在产卵场捕捞产卵亲体并破坏产卵场、冬汛捕捞带鱼时兼捕越冬曼氏无针乌贼，致使资源受到严重损害，酿成曼氏无针乌贼资源枯竭，处于灭绝的边缘。到上世纪80年代中期，已没有曼氏无针乌贼渔汛，甚至连曼氏无针乌贼踪影也逐渐消失，因此，恢复和养护曼氏无针乌贼资源已经成为一项重要而紧迫的任务。

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)指的是某种生物不同个体DNA序列中单个核苷酸点突变产生的多态性，包括置换、颠换、插入或缺失引起的多态现象。SNP是由美国学者Lander于1996年提出的继RFLP、SSR的第三代新型分子标记技术，1998～2002年每年都召开“SNPs与复杂基因组”国际会议以探讨SNPs在复杂基因组中应用，随着PCR、分型检测、DNA芯片等技术的不断发展，SNP趋于高通量、自动化。近年来，分子标记技术逐渐成为研究水产动物遗传学的重要手段，SNP作为第三代遗传标记，位点数量多、密度广、遗传多样性高以及自动化程度强，能够显示其他分子标记技术难以检测到的遗传信息多态性，故而，SNP标记技术对于水产动物遗传学研究具有重要意义。

基于先进的简化基因组测序技术获得高密度的SNP位点，可从全基因组层面查明中国沿海黄鲫种群的遗传多样性水平、种群遗传结构等重要群体遗传学参数，能够克服传统方法中依赖于单个或少数基因位点来评估海洋生物群体遗传和进化机制带来的不确定性和分辨率不高的问题，将为黄鲫的有效管理及合理保护提供背景知识，并有助于推动中国海洋鱼类群体基因组学研究向更深发展。

目前获取基因信息数据的方法主要有两种：基因分型和基因测序。基因分型主要是利用已知的单核苷酸多态性(SNP)位点侧翼的碱基序列设计探针，并将探针固定在基因芯片上。当待测样本的DNA与基因芯片上的探针序列互补杂交并通过扫描荧光信号来探知杂交，便可鉴定样本DNA上这些探针位点(SNP位点)的基因型。而基因测序是对目标DNA进行碱基序列测定，并进行相关分析。

现有技术如授权公告号为CN 105238859B的中国发明专利，公开了一种获取鸡全基因组高密度SNP标记位点的方法，包括以下步骤：(1)预测用EcoRI与MseI的双酶切鸡基因组所获得的酶切片段分布情况；(2)根据EcoRI与MseI的酶切片段分布特点设计通用接头、条形码接头及PCR扩增引物；(3)构建简化基因组测序文库；(4)利用步骤(3)构建的文库进行上机测序；(5)根据测序结果获得SNP标记位点；该发明获取每个SNP标记位点的成本比传统芯片技术降低一个数量级，且方法技术稳定，重复性高。然而该发明测序程序较复杂，目标DNA获取纯度低。

发明内容

本发明的目的在于提供一种曼氏无针乌贼生长速度相关的SNP标记，采用聚合酶链式反应和串联RAD标签测序技术筛选曼氏无针乌贼生长速度相关SNP标记，具有高通量、低成本，SNP标记筛选准确度高、获取效率高等优点。