[发明专利]SNP位点组合及在制备检测肿瘤易感基因的产品中的应用

说明书

本发明提供用于扩增SNP位点组合的引物对以及延伸引物和用于检测肿瘤易感基因的试剂盒，其利用飞行质谱平台，能够检测15个与肿瘤遗传相关的基因，共涉及20个热点变异位点。所述引物对的上游引物的序列如SEQ ID No.1‑20所示，所述引物对的下游引物的序列如SEQ ID No.21‑40所示，所述延伸引物的序列如SEQ ID No.41‑60所示。采用上述试剂盒，可以取得快速、简单、准确的基因型检测，同时具有其他其它SNP检测方法所没有的优势。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域。尤其是涉及基于飞行质谱平台的肿瘤易感基因检测技术及用途。

背景技术

肿瘤已成为全世界范围内发病率和死亡率最高的疾病，寻找有效地早期诊断及治疗方法已成为当前医学研究领域中的重大课题。肿瘤的发生发展是机体局部组织细胞异常增生而形成的异常病变，这种发病的过程常常涉及各种基因突变。因此，肿瘤细胞在基因组水平上与正常体细胞存在显著差异，在肿瘤细胞发生发展的过程中存在被稳定复制的一些重要的驱动基因突变，可作为生物标志物，对肿瘤的预防、诊断、治疗以及预后判断提供重要的信息。

恶性肿瘤是多基因参与的复杂性疾病，其发病机制尚不完全清楚。目前研究认为，肿瘤的发生是遗传因素和环境因素共同作用的结果。其中环境因素是大多数肿瘤的病因，但暴露于相同环境的人群只有少数个体发病；而遗传因素为内因，与人体是否携带肿瘤易感基因有关，提示个体的遗传易感因素起重要作用。

SNP分型的方法多种多样，分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDITOF质谱技术相结合，实现基因分型检测。基于分子量阵列平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高多达40重PCR反应和基因型检测，实验设计非常灵活，分型结果准确性高。根据应用需要，对于数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时，具有最佳性价比。特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。

质谱是带电原子、分子或分子碎片按分子量(质荷比)的大小顺序排列的图谱。质谱仪可通过对物质的分子量(质荷比)进行检测，达到区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异，通过分型实验将差异放大，然后以质谱仪进行检测即可达到SNP分型的目的。带电物质无电场的真空管(Drift region)中的飞行速度与分子量负相关，分子量越小，飞行速度越快，到达检测器(Detector)的时间越早，反之亦然。

发明内容

本发明的技术目的首先是提供一种用于飞行质谱检测的SNP位点组合，其利用飞行质谱平台，能够检测15个与肿瘤遗传相关的基因，共涉及20个热点变异位点。所述SNP位点包括：rs121913482、rs1042522、rs28934573、rs1800896、rs1057035、rs121909229、rs17401966、rs2736100、rs121913274、rs1621、rs11554290、rs5030820、rs28934576、rs401681、rs1057519942、rs1131878、rs121434596、rs121913355、rs121913338、rs9841504。这20个变异位点是发明人经过多年研究选择得到的组合形式，可以基本覆盖常见与肿瘤遗传相关的基因，同时可以快速准确的得到位点突变检测结果。本发明的技术基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOF)，是一种基因SNP位点的分型技术。该技术的主要原理是首先通过多重PCR技术，扩增出所要检测SNP附近的一个片段，然后，通过纯化技术，取出PCR产物中的杂质，再通过单碱基扩增引物，特异性的扩增出SNP所在的位点。再将扩增产物点在芯片上，进行结晶。最后将芯片上的产物，通过飞行时间质谱仪，测定其分子量，来最终判断SNP位点的类型。