[发明专利]用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记及其应用

说明书

本发明公开一种用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记及其应用。该SNP标记包括13个SNP位点，为SNP1～SNP13，并分别表示其位于SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第201位。本发明采用高通量测序及生物信息分析等技术的优势开发出能用于快速鉴定四种常用品系(Wistar、GK、BN、SD)大鼠的SNP标记，SNP标记的应用可大大降低大鼠遗传检测成本并简化操作。

技术领域

本发明涉及利用高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法筛选并验证了大鼠的13个SNP标记，用以快速鉴定四种常用品系(Wistar、GK、BN、SD)大鼠。

背景技术

在生物医学研究中，实验动物的遗传质量是衡量其品质好坏的重要因素，利用遗传特性稳定的实验动物才能保证实验结果更加具有参考价值与可比性。因此在实验动物的饲养过程中，对其进行定期的遗传检测是必不可少的环节。生化标记基因检测、免疫标记基因检测以及毛色基因检测等传统的遗传质量检测方法存在着精确度不高以及检测位点少等局限性，这些检测方法已不再满足科学发展的需要。随着基因组学研究的不断进步，SNP标记开始逐渐被应用于各种实验动物的鉴定及遗传检测中，相比于传统的遗传质量检测方法，利用SNP标记具有操作简单快速、能鉴别出同源品系以及能进行大规模高通量检测等显著优点。

大鼠具有体型较大易于研究以及在某些生理特性方面更接近人类等优点，是多种生物医学实验的首选动物模型。然而，在国内外的研究中，应用于大鼠遗传检测的SNP标记的研究却并不多。目前筛查到国内外广泛认可的有效遗传标记是实现实验动物遗传质量监测技术突破的有途径之一。因此，开发出能用于大鼠遗传检测的SNP标记具有重要意义。

发明内容

为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种用于四种常用品系大鼠鉴定的SNP标记。大鼠作为常用的动物模型广泛应用于药物和疾病机制等研究中，在生物医学研究中占据着重要地位，其中Wistar、GK、BN、SD大鼠为比较常用的四种品系。本发明旨在于利用高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法筛选并验证了大鼠的13个SNP标记，用以快速鉴定Wistar、GK、BN、SD这四种品系的大鼠。

本发明的另一目的在于提供所述的SNP标记的应用。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

本发明首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序，利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大鼠参考基因组，筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP，并从中进一步筛选了一组候选SNP位点，再利用一代测序和DNA混合池法对以上候选SNP位点在Wistar、GK、BN、SD四种大鼠群体中进一步筛查与验证，最终得到了13个可以区分四种常用品系大鼠的SNP标记及其在各品系中的基因型。

所述的13个SNP位点为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13。

所述的SNP1表示该SNP位点位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基D(G/A/T)；

所述的SNP2表示该SNP位点位于SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基V(G/A/C)；

所述的SNP3表示该SNP位点位于SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基V(G/A/C)；

所述的SNP4表示该SNP位点位于SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列的第201位，并且该位置处核苷酸序列为简并碱基B(G/T/C)；