[发明专利]一种与肉牛饲料转化效率有关的牛AHSG基因SNP标志物

说明书

本发明公开了一种与肉牛饲料转化效率有关的牛AHSG基因SNP标志物，该标志物为AHSG基因chr1:198654887位点C‑T的突变。本发明还提供了用于检测所述的SNP标志物的特异性引物。利用本发明所提供的方法可以通过对牛AHSG基因单碱基多态的判断获得肉牛料肉比性状的优劣，从而为肉牛的育种工作提供指导，选育具有最低料肉比的TT型肉牛进行育种和培养。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种肉牛饲料转化率性状相关的SNP标志物检测方法及其应用。

背景技术

我国肉牛产业高速发展，在畜牧业中所占的产值比重逐年增高，已为畜牧业的支柱产业。肉牛养殖已成为农民增收的主要途径。系统分析我国牛肉生产成本等诸多因素，饲料转化效率为关键因素之一。饲料成本占养殖成本比例最大且可调控，因此提高饲料效率，降低饲养成本，能够提升整个生产体系的效率，使养殖业利润得到增加。

料肉比是反映饲料转化效率的可遗传性状，独立于生产水平、体格大小等性状，被认为是测定饲料利用效率的主要参考方法。饲料转化效率高的动物料肉比低或者为负值，饲料效率越高的动物，其料肉比越低。选择低料肉比水平的家畜能够在不影响动物的生长速度和繁殖性能以及肉质性状的前提下，提高饲料的利用率，降低饲养成本，减少动物的粪便排放以及碳排放，从而实现减少饲料成本，降低空气污染，提高养殖业利润。因此找到影响料肉比的基因标记，结合表型进行标记辅助选择有着非常重要的意义。

SNP为第三代遗传标志，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。具有数量多、分布广泛、高频率、低突变率等优点，适于快速、规模化筛查，现已应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种遗传标记研究等。牛α2-HS糖蛋白基因(AHSG)与骨密度、大小以及糖脂代谢等密切相关，但目前还没有就该基因的单核苷酸多态性与饲料效率(料肉比)相关性的报道。

发明内容

基于背景技术存在的技术问题，本发明提出了一种与肉牛饲料转化效率有关的牛AHSG基因SNP标志物及其检测方法，依据多态性进行肉牛饲料利用效率的判定。

本发明的技术方案如下：

本发明的发明人研究了草原红牛资源群体，测定了料肉比等生产性状，对AHSG(NCBI登录号：NC_019458.2)基因设计引物进行长片段PCR扩增，PCR产物胶回收后于金唯智生物有限公司Sanger测序平台进行测序和NCBI-Blast筛选SNPs，结果在基因组位置为1号染色体正链198654887的位点找到一个C-T的突变，对应AHSG基因的CDS区(外显子7的871bp处)发生CCC(脯氨酸)-CCT(脯氨酸)的同义突变。

以该SNP位点上下游序列为模板设计基因分型引物(F1和F2)，利用PCR测序的方法进行基因分型，利用SPSS 22.0统计软件对不同基因型所对应的料肉比性状均值进行差异显著性检验。

CC型纯合子的料肉比为6.01±0.98，CT型杂合子的料肉比为7.30±2.88，TT型纯合子的料肉比为5.26±0.60，结果显示TT型纯合子的料肉比性状显著低于杂合子CT(P0.05)，低于CC型纯合子。

由此，得到一种与牛料肉比性状有关的牛AHSG基因SNP标志物，该标志物为AHSG基因chr1:198654887位点(外显子7的871bp处)C-T的突变。

本发明的检测方法具体通过以下技术方案实现：

本发明还提供了一种用于检测所述的SNP标志物的特异性引物，所述的引物包括上游引物和下游引物：

1、所述的上游引物(F1)为：5'-AACGGTCCTCTTTCCTCCAGC-3'；

所述的下游引物(F2)为：5'-TGTGCCAAACCATCTCATCTCC-3'；