[发明专利]一种DNA甲基化特异位点的电化学分析方法

说明书

本发明属于基于CH3‑HS疏水结构域液相表征特性锚定DNA甲基化特异位点的电化学分析，公开了一种DNA甲基化特异位点的电化学分析方法。电化学方法因快速、简便、灵敏、易于实现微型化等优点，利用其研究DNA甲基化具有独特的优势。本发明甲基化DNA在液相条件下形成以甲基CH3‑为内核的“疏水球”这一物化特性，实现对甲基化碱基位点的定位分析。本发明基化DNA在液相条件下形成以甲基CH3‑为内核的“疏水球”这一物化特性，实现对甲基化碱基位点的定位分析。本发明提供了一系列已知甲基化位置的靶序列(DNA S2，DNA S3,DNA S4,DNA S5,DNA S6,table 1)。

技术领域

本发明属于基于CH3-HS疏水结构域液相表征特性锚定DNA甲基化特异位点的电化学分析，尤其涉及一种DNA甲基化特异位点的电化学分析方法。

背景技术

目前，业内常用的现有技术是这样的：DNA甲基化是表观遗传最基本的修饰方式，由于其对细胞分化、胚胎发育、遗传性疾病和肿瘤发生等基因表达和沉默的调控作用，DNA甲基化已成为继限制性片断多态性、DNA点突变之后最具价值的第三代遗传标记。DNA序列特定碱基携带甲基CH₃-是DNA甲基化的分子本质，检测某一序列是否存在甲基化，并未实现甲基化DNA序列结构的最终解析，DNA甲基化分析的终极目标是甲基化碱基的位点定位。目前，已发展了多种DNA甲基化的检测方法，根据检测前对基因组DNA的处理主要分为3大类:限制性酶切、亲和富集和亚硫酸氢盐转换。然而，这三种方法仍然存在一定的局限性。克隆测序其测试结果受到转换是否完全和测序深度的影响，同时文库构建过程复杂，长时间酸处理，易导致靶序列降解；另一方面，检测后庞大的数据处理和对检测设备的特殊要求导致其难以在临床实验室推广应用。MSRE分析由于限制性内切酶对碱基序列识别的特异性，导致其只能对RE识别序列进行分析，检测范围受到RE识别限制。更主要的是，其结果判读是通过酶切后甲基化与非甲基化的酶切片段的电泳区带差异进行判断，这即导致该技术只能解析某一段待测序列是否存在甲基化，而不能准确判断甲基化的确切位点。而甲基化芯片技术通过标记的捕获探针与甲基化靶序列结合后的标记信号差异，分析待测序列是否存在甲基化。其检测结果只能检测一段已知序列是否存在甲基化，也不能明确甲基化的特异位点。因此，建立操作简单、准确性好，灵敏度高的甲基化检测方法已成为临床诊断等领域愈加迫切的需求。电化学方法因快速、简便、灵敏、易于实现微型化等优点，利用其研究DNA甲基化具有独特的优势。本项目根据甲基化DNA在液相条件下形成以甲基CH3-为内核的“疏水球”这一物化特性，实现对甲基化碱基位点的定位分析。

综上所述，现有技术存在的问题是：

(1)克隆测序其测试结果受到转换是否完全和测序深度的影响，同时文库构建过程复杂，长时间酸处理，易导致靶序列降解；检测后庞大的数据处理和对检测设备的特殊要求导致其难以在临床实验室推广应用。

(2)MSRE分析由于限制性内切酶对碱基序列识别的特异性，导致其只能对RE识别序列进行分析，检测范围受到RE识别限制，导致该技术只能解析某一段待测序列是否存在甲基化，不能准确判断甲基化的确切位点。

(3)甲基化芯片技术的检测结果只能检测一段已知序列是否存在甲基化，不能明确甲基化的特异位点。

解决上述技术问题的难度和意义：