[发明专利]一种构建链特异RNA文库的方法及应用

说明书

本发明涉及一种新的构建链特异RNA文库的方法，尤其涉及一种构建链特异RNA文库的方法及应用。该方法将RNA片段化处理得到片段化的RNA，将片段化的RNA逆转录后采用RNase H消化RNA/DNA杂合体，消化产物与接头连接得到连接产物，连接产物进行PCR扩增，扩增产物即为链特异RNA文库。本发明采用RNase H消化RNA/DNA杂合体后，直接进行双端接头连接，得到链特异性RNA文库；同时优化的反应体系使得从样品RNA到接头连接完成只需在一管中顺次加入反应试剂即可进行。与常规链特异性RNA文库构建方法相比，克服了技术的复杂性与繁琐性，节省了大量人力、时间与试剂成本。

技术领域

本发明涉及一种新的构建链特异RNA文库的方法，尤其涉及一种构建链特异RNA文库的方法及应用。

背景技术

随着二代测序技术的发展，越来越多的科研工作者着重于进行基因组测序分析、转录组测序分析及转录组与蛋白组之间关系的分析。RNA测序作为科研工作的重要手段，越来越被广泛的应用。特别是链特异性RNA文库构建，对于RNA深层次的研究有着重要的作用。

通常进行链特异性RNA文库构建需要经过以下繁琐步骤：样本RNA打断成适当长度、纯化打断的RNA、利用随机引物反转录、加入dUTP进行第二链合成、纯化cDNA、末端修复、加A、连接接头、纯化连接产物、UDG酶消化以及PCR富集、PCR产物纯化等。整个过程十分繁琐，浪费人力、时间；同时大量的反应步骤也消耗了大量试剂，提高了检测成本。

发明内容

为了解决现有技术的不足，本发明提供一种构建链特异RNA文库的方法及应用，获得一种操作简便、成本低廉、耗时短的RNA文库构建方法。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

一种构建链特异RNA文库的方法，包括以下步骤：将RNA片段化处理得到片段化的RNA，将片段化的RNA逆转录后采用RNase H消化RNA/DNA杂合体，消化产物与接头连接得到连接产物，连接产物进行PCR扩增，扩增产物即为链特异RNA文库。

优选的，所述RNA为total RNA、mRNA、去除核糖体RNA或lncRNA。

优选的，所述接头的一端含有随机碱基N，所述随机碱基N的个数为3-6个。

优选的，所述片段化处理中加入片段化缓冲液，所述片段化缓冲液为Mg²⁺缓冲液。

优选的，所述消化RNA/DNA杂合体反应中还加入BSA溶液，所述BSA溶液为0.1％BSA溶液。

优选的，消化产物与接头连接的连接体系中包括T4 DNA连接酶、接头和缓冲液。

优选的，所述Mg²⁺缓冲液包括15mM MgCl₂、250mM Tris-HCl(pH8)、300mM KCl、1mMDTT和10mM随机引物。

一种构建链特异RNA文库的方法应用于高通量测序文库构建方面。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

本发明采用RNase H消化RNA/DNA杂合体后，直接进行双端接头连接，得到链特异性RNA文库；同时优化的反应体系使得从样品RNA到接头连接完成只需在一管中顺次加入反应试剂即可进行。与常规链特异性RNA文库构建方法相比，克服了技术的复杂性与繁琐性，节省了大量人力、时间与试剂成本。

附图说明

图1为本发明的一种构建链特异RNA文库的流程示意图；

图2为采用本发明进行链特异RNA文库构建的Agilent 2100质检图。

具体实施方式