[发明专利]一种药物基因组学知识图谱构建方法及系统在审
申请号: | 201811056554.8 | 申请日: | 2018-09-11 |
公开(公告)号: | CN109299285A | 公开(公告)日: | 2019-02-01 |
发明(设计)人: | 李姣;侯丽;康宏宇 | 申请(专利权)人: | 中国医学科学院医学信息研究所 |
主分类号: | G06F16/36 | 分类号: | G06F16/36;G16B40/00 |
代理公司: | 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 | 代理人: | 王宝筠 |
地址: | 100020*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 药物基因组学 分析维度 图谱 初始数据信息 目标数据信息 关联关系 图谱构建 基因组学 目标药物 数据抽取 药物疗效 构建 匹配 验证 | ||
1.一种药物基因组学知识图谱构建方法,其特征在于,包括:
获取与药物基因组学相匹配的初始数据信息;
对所述初始数据信息进行数据抽取处理,获得目标数据信息;
根据所述目标数据信息,确定分析维度以及所述分析维度之间的关联关系;
基于所述分析维度和所述分析维度之间的关联关系,构建获得初始药物基因组学知识图谱;
对所述初始药物基因组学知识图谱进行验证,获得目标药物基因组学知识图谱。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述对所述初始数据信息进行数据抽取处理,获得目标数据信息,包括:
对所述初始数据信息按照语义类型进行分类,获得分类后的数据信息;
对所述分类后的数据信息进行去重处理,获得去重后的数据信息;
对所述去重后的数据信息依照维度进行数据抽取,获得目标数据信息。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述根据所述目标数据信息,确定分析维度以及所述分析维度之间的关联关系,包括:
根据所述目标数据信息,确定分析维度,其中,所述分析维度包括药物、基因、基因变异、疾病和个性化用药;
构建所述药物、所述基因、所述基因变异、所述疾病和所述个性化用药维度之间的三元组,其中,所述三元组包括第一实体、第二实体和第一实体与第二实体之间的关系;
定义实体间的关系,生成实体之间的网状关系图,其中,所述网状关系图表征所述分析维度之间的关联关系。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述基于所述分析维度和所述分析维度之间的关联关系,构建获得初始药物基因组学知识图谱,包括:
根据初始数据信息,确定药物基因组学填充实例;
根据所述分析维度和所述分析维度之间的关联关系,构建获得药物基因组学知识图谱框架;
将药物基因组学填充实例填充至所述药物基因组学知识图谱架构中,获得初始药物基因组学知识图谱。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述对所述初始药物基因组学知识图谱进行验证,获得目标药物基因组学知识图谱,包括:
根据检索到的医学文献信息,通过交叉验证生成ROC曲线;
基于所述ROC曲线对添加了药物基因组学填充实例的初始药物基因组学知识图谱进行验证;
若验证成功,则将所述初始药物基因组学知识图谱确定为目标药物基因组学知识图谱。
6.一种药物基因组学知识图谱构建系统,其特征在于,包括:
获取单元,用于获取与药物基因组学相匹配的初始数据信息;
处理单元,用于对所述初始数据信息进行数据抽取处理,获得目标数据信息;
确定单元,用于根据所述目标数据信息,确定分析维度以及所述分析维度之间的关联关系;
构建单元,用于基于所述分析维度和所述分析维度之间的关联关系,构建获得初始药物基因组学知识图谱;
验证单元,用于对所述初始药物基因组学知识图谱进行验证,获得目标药物基因组学知识图谱。
7.根据权利要求6所述的系统,其特征在于,所述处理单元包括:
分类子单元,用于对所述初始数据信息按照语义类型进行分类,获得分类后的数据信息;
去重子单元,用于对所述分类后的数据信息进行去重处理,获得去重后的数据信息;
抽取子单元,用于对所述去重后的数据信息依照维度进行数据抽取,获得目标数据信息。
8.根据权利要求6所述的系统,其特征在于,所述确定单元包括:
维度确定子单元,用于根据所述目标数据信息,确定分析维度,其中,所述分析维度包括药物、基因、基因变异、疾病和个性化用药;
构建子单元,用于构建所述药物、所述基因、所述基因变异、所述疾病和所述个性化用药维度之间的三元组,其中,所述三元组包括第一实体、第二实体和第一实体与第二实体之间的关系;
生成子单元,用于定义实体间的关系,生成实体之间的网状关系图,其中,所述网状关系图表征所述分析维度之间的关联关系。
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