[发明专利]一种基因组的组装方法及装置

说明书

本发明实施例提供一种基因组的组装方法及装置，所述方法包括：获取纠错后的基因信息，所述基因信息包括基因组和比对信息；根据所述基因组和所述比对信息进行基因组组装；若判断获知组装结果未达到预设条件，对所述组装结果进行分区域聚类处理，并将处理结果进行重新组装。所述装置执行上述方法。本发明实施例提供的基因组的组装方法及装置，通过将未达到预设条件的组装结果进行分区域聚类处理，并将处理结果进行重新组装，能够提高基因组组装通用性和准确性。

技术领域

本发明实施例涉及基因工程技术领域，具体涉及一种基因组的组装方法及装置。

背景技术

随着基因技术的发展，基因组的组装显得尤为重要。

现有的基因组装方法通常采用如下三种软件：LACHESIS，SALSA和3d-dna。LACHESIS是Hi-C辅助基因组组装的开篇的软件，相对来说通用性较强，且能组装到染色体水平，但是，受基因组组装水平影响较大，尤其针对目前的三代测序组装基因组，在划分染色体群组上容易出现染色体的融合，组装准确性差；此软件也缺少对序列的纠错功能，以及全基因组bin热图评估组装准确性功能，尤其对植物基因组组装的组装效果较差。SALSA是一个针对三代组装的基因组进行Hi-C辅助基因组组装，仅提升Scaffold指标，不能获得染色体水平的组装。3d-dna软件具备对基因组进行先纠错再组装的功能，但参数复杂，无全基因组考虑，仅为单条序列考虑，容易产生过度纠错；而且并不能划分成真实数目的染色体，存在大量的染色体融合结果；再次，对于植物及真菌基因组的应用效果较差，此软件通用性一般。

因此，如何避免上述缺陷，提高基因组组装通用性和准确性，成为亟须解决的问题。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明实施例提供一种基因组的组装方法及装置。

第一方面，本发明实施例提供一种基因组的组装方法，所述方法包括：

获取纠错后的基因信息，所述基因信息包括基因组和比对信息；

根据所述基因组和所述比对信息进行基因组组装；

若判断获知组装结果未达到预设条件，对所述组装结果进行分区域聚类处理，并将处理结果进行重新组装。

第二方面，本发明实施例提供一种基因组的组装装置，所述装置包括：

获取单元，用于获取纠错后的基因信息，所述基因信息包括基因组和比对信息；

组装单元，用于根据所述基因组和所述比对信息进行基因组组装；

重组装单元，用于若判断获知组装结果未达到预设条件，对所述组装结果进行分区域聚类处理，并将处理结果进行重新组装。

第三方面，本发明实施例提供一种电子设备，包括：处理器、存储器和总线，其中，

所述处理器和所述存储器通过所述总线完成相互间的通信；

所述存储器存储有可被所述处理器执行的程序指令，所述处理器调用所述程序指令能够执行如下方法：

获取纠错后的基因信息，所述基因信息包括基因组和比对信息；

根据所述基因组和所述比对信息进行基因组组装；

若判断获知组装结果未达到预设条件，对所述组装结果进行分区域聚类处理，并将处理结果进行重新组装。

第四方面，本发明实施例提供一种非暂态计算机可读存储介质，包括：

所述非暂态计算机可读存储介质存储计算机指令，所述计算机指令使所述计算机执行如下方法：

获取纠错后的基因信息，所述基因信息包括基因组和比对信息；