[发明专利]一种用于诊断ACTB-TFEB易位性肾癌的探针组合及其应用

说明书

本发明公开了一种用于诊断ACTB‑TFEB易位性肾癌的探针组合及其应用。探针组合由BAC克隆探针RP11‑89J1和BAC克隆探针RP11‑81C24组成。本发明所述的探针在制备ACTB‑TFEB易位性肾癌诊断试剂中的应用。本发明根据TFEB易位性肾癌的特点，设计结合在TFEB基因端粒侧和ACTB基因着丝粒侧的荧光标记DNA探针组合，在石蜡包埋组织切片的基础上进行原位杂交，检测融合及分离信号，可大大提高诊断该类肿瘤的准确率。

技术领域

本发明属于荧光原位杂交探针应用领域，涉及一种用于诊断ACTB-TFEB易位性肾癌的荧光原位杂交(FISH)融合基因探针组合及其在制备ACTB-TFEB易位性肾癌诊断试剂中的应用。

背景技术

2016年新版WHO肾脏肿瘤病理组织学分类新增了一种肾细胞癌类型：MiT家族易位性肾细胞癌。MiT家族是小眼畸形转录因子家族(microphthalmia-associatedtranscription factor family)的缩写，该家族成员包括MITF，TFE3、TFEB和TFEC基因。

目前已经发现的MiT家族易位性肾细胞癌包括Xp11.2易位/TFE3基因融合相关性肾细胞癌和t(6；11)(p21；q12)易位/TFEB基因融合相关性肾癌。

MiT家族易位性肾细胞癌致病机理清晰明确，MiT家族成员基因(TFE3/TFEB)的易位是其关键致病因素：这类肿瘤均涉及MiT家族成员基因同其它染色体易位及其所致形成融合基因，通过启动子变换从而高表达TFE3/TFEB融合蛋白，而TFE3/TFEB作为一个转录因子，通过与特异的DNA结构相结合，转录调控体内多种基因表达最终致病。目前至少有10种不同的易位伴侣和融合基因被报道，包括ASPSCR1-TFE3、PRCC-TFE3、SFPQ-TFE3、NONO-TFE3、CLTC-TFE3、LUC7L3-TFE3、KHSRP-TFE3、PARP14-TFE3、DVL2-TFE3、RBM10-TFE3和MALAT1-TFEB等，每例肿瘤内仅存在单一的易位形式。

MiT家族易位性肾细胞癌是一罕见类型肿瘤，TFE3基因易位性肾癌约占所有肾细胞癌的1.6％-4％，TFEB基因易位性肾癌相对更加罕见。但该疾病以发病年龄轻为突出特征，占儿童肾细胞癌的40％，且造成极其沉重的家庭及社会负担。此外，有明确证据表明MiT家族易位性肾细胞癌的患者对血管内皮生长因子受体(vascular endothelial growthfactor receptor，VEGFR)或哺乳动物雷帕霉素(mammalian target of rapamycin，mTOR)分子靶向治疗敏感。另有研究表明，MET酪氨酸激酶为ASPL-TFE3融合基因的靶基因，并有望成为TFE3易位性肿瘤的治疗靶点。因此，精确诊断此类肿瘤显得十分重要。

本发明团队通过高通量测序技术，在一例形态学符合MiT家族易位性肾细胞癌特征的病例中检测出ACTB-TFEB融合基因，该融合基因型为首次发现，国内外均无报道。

目前高通量测序是唯一可以明确未知易位位点的检测手段，然而高通量测序费用高昂，检测周期长，检测平台稀缺，对样品质量要求高，不利于普及推广，对于大多数患者来说也不是首选检测手段。

染色体荧光原位杂交(FISH)始于传统的细胞遗传学和DNA技术的结合，快速灵敏、特异性好，可以检测隐匿或微小的染色体畸变以及复杂核型；还可以使用多种荧光标记，显示DNA片段及基因之间的相对位置与方向，空间定位精确。此外，FISH的方法，可以在石蜡包埋的样本上进行回顾性研究，大大降低了对研究样本的要求。目前，利用荧光原位杂交(FISH)检测ACTB-TFEB融合基因的方法国内外均无报道。

发明内容

本发明的目的是针对上述技术问题提供一种用于诊断ACTB-TFEB易位性肾癌的探针组合。

本发明另一个目的是提供上述探针组合在制备ACTB-TFEB易位性肾癌诊断试剂中的应用。