[发明专利]一种先天性缺牙易感基因的检测方法

说明书

一种先天性缺牙易感基因检测芯片及检测方法。本发明的成果不仅将显著提高先天性缺牙遗传学诊断的效率，扩大其候选基因的诊断涵盖面，同时将极大地丰富先天性缺牙的致病突变谱，利于分析基因间的交互作用，使我们对于这种疾病的致病因素有更加深入的认识。这些极富价值的研究成果最终将有利于先天性缺牙的遗传咨询和产前诊断。

技术领域

本发明涉及基因芯片，具体的说是一种先天性缺牙易感基因的检测方法。

背景技术

由于牙胚发育异常造成的先天性牙齿数量减少称为先天性缺牙。近年来，随着在牙齿发育中各种分子，如转移因子、生长因子、受体分子、细胞表面分子、细胞间分子等的定位，及对其在牙齿发育期间调节作用的研究，使对先天性缺牙遗传因素的研究更加深入，但各学者的看法不一致。例如，Vastardis等研究发现MXS1基因位点突变时，小鼠可表现为严重地多数缺牙；人类则表现为第二前磨牙和第三磨牙先天性缺失。此外，还有学者研究发现上皮生长因子(Epideral growth factor,EGF)、上皮生长因子受体(Epideral growthfactor receptor，EGFR)、成纤维细胞生长因子(Fibroblast growth factor，FGF)在牙齿发育期有重要的作用。因而学者们提出EGF、EGFR、FGF等因子基因位点突变可引起先天性缺牙。而Arte等采用连锁分析法，对7个患有先天性少数牙缺失的芬兰家庭三代人做家系调查，并采取患者外周血，用PCR技术分析其指纹图谱，却排除了EGF、EGFR、FGF-3因子的基因位点是先天性个别缺牙基因突变的位点。Nieminen等在研究切牙-前磨牙先天缺失的患者的基因时却未发现MXS1基因位点异常。

本申请人收集了国内外关于先天性缺牙易感基因的文献和报道，并对文献和报道进行整理，发现了与先天性缺牙相关的基因有大概60个，尚未发现对这些基因进行整体研究的技术或文献，对这些基因进行筛选和功能确认，如果对这些基因进行整体研究，需要对基因进行检测。

目前针对先天缺牙致病基因的检测手段主要包括Sanger测序、外显子测序及全基因组测序。而Sanger测序耗时、耗材且耗费人力；外显子测序及全基因组测序不仅价格昂贵且测序结果数据量庞大、周期长和成本高。Sanger测序、外显子测序及全基因组测序若用于先天性缺牙相关的基因整体研究，则会耗费大量的资源，因此需要一种更加高效的方法减低先天性缺牙致病基因筛选成本并提高筛选效率。

发明内容

本发明提供一种先天性缺牙易感基因的检测方法，该方法能快速检测先天缺牙致病基因，减低致病基因筛选成本并提高筛选效率。

一种先天性缺牙易感基因的检测方法，所述方法包括：(1)对待测序DNA样品进行PCR扩增，制备测序文库片段；

扩增待测序DNA样品的引物序列设计模板来自35个先天性缺牙相关基因：EDA、EDAR、EDARADD、WNT10A、MSX1、PAX9、AXIN2、BMP4、LTBP3、PITX2、SMOC2、PTH1R、GRHL2、GREM2、TRAF6、LHX8、LRP6、Lef1、SP3、BCOR、SLC26A2、Barx1、FGFR2、GJA1、NFKBIA、IKBKG、IRF6、OFD1、TP63、PVRL1、TBX3、TFAP2B、TCOF1、MSX2和SHH；

所述待测序DNA样品提取自人类体液；

(2)将测序文库片段通过PCR扩增过程克隆到离子微球颗粒上；

(3)将PCR扩增后的离子微球颗粒注入到测序芯片上，加入运行测序程序；

(4)结果分析。

所述步骤(1)中PCR扩增方法为：(1a)对待测序DNA样品用自制引物进行PCR扩增，得初步测序文库片段；(1b)将初步测序文库片段进行消化引物、接头序列连接步骤后，用商业引物进行初步测序文库片段的PCR扩增，制备测序文库片段。